金元时期，医学由九科增至十三科，以小方脉命名的儿科和其他学科一样，也有许多新的发挥。这一时期，主要的儿科医家及医著是曾世荣及其《活幼心书》3卷、《活幼口议》20卷。另外，刘完素、张子和、李东垣、宋丹溪四大医家，在儿科学术方面，也都有不同程度的阐述，尤其在小儿病证治方面较以前有明显进步。

金元医家针对当时社会过分溺爱而致小儿发病的现象，提出科学育儿的方法和要求。曾世荣也认为，不使小儿衣过暖、食过饱，是保证小儿健康发育的重要措施之一。他曾作“小儿常安”歌：“四时欲得小儿安，常要一分饥与寒”(《活动心书》卷上)宣传他的育儿方法，颇得民众的欢迎，至今仍在流传。这对于维护小儿健康成长，无疑具有积极的意义。

这一时期，对儿科常见病证治取得了较大成就。关于麻疹，滑寿通过长期细致的观察，发现小儿麻疹发病之前，往往“舌生白珠，累累如栗，甚则上颚牙龈满口通生，”(《麻疹全书》)，滑寿这一发现是我国描述麻疹颊粘膜斑的第一人。对于麻疹与其他疾病的早期鉴别诊断有着极其重要的意义。关于麻疹的治疗，张子和提出初期应以清热解毒、辛凉清解为主，发疹期宜清热透疹；皮疹正收及收没后，用滋阴清肺。并特别指出，在病程中“须防疱疹发喘”，即注意防止麻疹合并肺炎。

对惊风的证治，金无医家有其独到之处。如张子和善用攻邪之法治疗惊风，李东垣在《兰室秘藏·小儿门》中专列“治惊论”，提出“外物惊，宜镇心，以黄连安神丸，若心气动致惊，宜寒水石安神丸”的治疗方法。

对疳积，张于和《儒门事亲》不仅论述了身瘦疳热一类疾病的辨证和治疗，还对眼疳、牙疳等疳证作了详尽的阐述，所举甘露散、益黄散、四味肥儿丸、五疳消毒丸等方剂，一直为后世所沿用。金元时期治疗疳证的方剂已相当丰富，仅李东垣《兰室秘藏》就载有厚肠丸、中满分消丸、消痞久等十余首；元《原版启微》认为疳证为养护失调、饮食失节所致，主张用茯苓渗湿汤、升陈龙胆草饮子等，以升阳降阴。

另外，朱丹溪还用“声高气粗肺炎”来描述肺闭喘咳的症状，这在我国医学文献中还是首次使用“肺炎”一词。曾氏对小儿吐泻也有研究。他将吐分为冷吐、热吐、积吐、伤风嗽吐、伤乳吐等，将泻分为冷泻、热泻、伤食泻、水泻、积泻、脾泻、风泻、脏寒泻、疳积酿泻等加以论述，深化了吐泻病因病理的认识。小儿吐泻的治疗，张子和提出用桂苓甘露饮、五苓散、益元散等治疗暴泻或水泻不止；用养脾丸治久泻不止；用牛黄通膈丸治身热吐下：这些经验大大丰富了中医儿科治疗学的内容，为后世儿科学的发展打下了基础。