一、《普济方》
《普济方》是由明太祖第五子周定王朱主持，教授滕硕、长史刘醇等人执笔汇编而成，刊于1406年，初刻本已散佚。几百年来除少数藏书家藏有一些残卷，如永乐刻本存19卷，明抄本存35卷等外，惟《四库全书》收有全文。原作168卷，《四库全书》改为426卷。凡1960论，2175类，778法，239图，61739方。1959年人民卫生出版社以《四库全书》本为主，参以残卷，校勘排印。
本书是我国古代最大的一部方书。全书大致分为12部分，卷1～5为方脉，卷6～12为运气，卷13～43为脏腑，卷44～86为五官，卷87～250为内科杂病，卷251～267为杂治，卷268～272为杂录和符禁，卷271～315为外伤科，卷316～357为妇科，卷358～408为儿科，卷409～424为针灸，卷425～426为本草。编次条理清晰，内容十分丰富。自古经方，本书最为完备。资料除取之历代方书外，还兼收史传、杂说、道藏、佛典中的有关内容。
二、《明医杂著》
本书由王纶撰于嘉靖己酉（1502）。薛己言其“刊行有年”。但今未见原刊本，所见均为薛己注本，刊于1549年。现有弘治刻本、嘉靖二十八年(1549)刻本、万历刻本、日本正保二年、承应三年刻本，1985年江苏科技出版社点校本等10多种。
王氏学宗丹溪，把朱、李(东垣)的学术经验融合起来，参以本人心得体会和临证经验而成是书。全书共6卷。卷1～3为医论及杂病证治，包括发热、劳瘵、泄泻、痢疾、咳嗽、痰饮等内科病，妇产科和五官科疾病等的辨证施治，分析了李东垣、朱丹溪的治法及方法等，眷4专论风证。卷5论小儿证治。卷6为附方。
三、《医学正传》
本书为虞抟所撰，成于正德乙亥(1515)。系据《素问》、《难经》要旨，参以诸家学说，博收广集，旁通己意而成。于嘉靖辛卯(1531)刊行。万历五年(1577)、六年(1578)有重刊本，近代会文堂有石印本。日本有1604、1622、1659年刊本。人民卫生出版社于1965、1981年先后两次刊印。
本书共8卷，卷1首设“医学或问”51条，阐述医学源流、授受、亢害承制、丹溪医说、四诊合参等内容，颇有见地。“或问”后按内、外、妇、儿科分述近百种病证，收一千余方。诸病总论皆采《内经》要旨，脉法取王叔和，伤寒宗张仲景，内伤宗李东垣，小儿尊钱乙。余病均以丹溪为主，摘选刘河间、张于祁、李东垣等诸家医方、家传及个人历验效方附于后。本书是一部综合性临床参考书，对后世有一定影响。
四、《针灸聚英》
《针灸聚英》又名《针灸聚英发挥》，高武撰。刊于嘉靖八年(1529)。现存版本可分两类：一为4卷本，如明刻本、建国后排印本；一为8卷本，如日本复到本。两类版本内容相同。
按4卷本顺序，卷首“集用书目”，简介《难经》、《素问》等16种以前针灸学著作。卷1论五脏六腑、仰伏人尺寸、手足阴阳流注、中指同身寸法、十二经脉、奇经八脉及所属经穴的循行、主病，附经脉经穴图。卷2为骑竹马法等各家取穴方法。卷3为煮针、火针、温针、拆针、晕针、补泻手法、刺法、灸法等。卷4为十四经穴欧等63则歌赋。末附针灸治疗问答。
五、《古今医统大全》
《古今医统大全》又名《医统大全》，系医学全书，徐春甫辑。书成于嘉靖三十五年(1556)，次年刊行。以后的版本有隆庆四年(1570)本、嘉庆间刻本，日本有明历三年(1657)本、万治间刊本等。
全书共100卷，卷1有“历世圣贤名医姓氏”，介绍270多名医家传略：“采摭诸书目录”，载所征引书约280种。卷2～5为《内经要旨》、《翼医通考》、《内经脉侯》、《运气易览》等；卷6～7为经穴针灸；卷8～92为临床各科证治，包括内、外、妇、儿、骨伤、五官科以及老年病400余种，每病载有病机、脉候、治法、方药、易简诸方、灸法、导引法等项。卷93～98为经验秘方，本草性能、功用及制法，通用诸方等，卷99～100为养生余录。
书中除引古说外，徐氏在医理、方药上均有阐发。书中所载医家传略是研究医史的重要资料。
六、《医学纲目》
《医学纲目》系综合性医书，楼英编撰。嘉靖四十四年(1565)，曹灼予以刊行。1937年世界书局再行铅印，全书40卷，分11部，以阴阳脏腑分病为纲。卷1～9为阴阳脏腑部，属医学总论，详述阴阳、脏腑、察病、诊法、用药、针灸、调摄、禁忌等。卷10～15为肝胆部。卷16～20为心小肠部，卷21～25为脾胃部，卷26为脾肺部，卷27为肺大肠部，卷28～29为肾膀胱部，分别介绍各脏腑有关病证证治。作者根据病证的症候特点，分别归属脏腑，并分门论述，如将中风、癫痫、痉厥、劳风、瘛、怒气、破伤风、子痫、目疾等证归入肝胆部。所述病证多属常见病，以内科杂病为主，兼及外科、妇科、五官科等病证。卷30～33为伤寒部，以伤寒为主，兼载温病、暑病、温疫等。卷34～35为妇人部，述妇人通治、经、带、胎、产等。卷36～39为小儿部，载小儿通治、五脏所主病。卷40为运气部。
本书资料丰富，纲目清晰，受到后世重视。
七、《医学入门》
本书由李编撰。于万历三年(1575)刊行，国内外刊本现有30余种，如万历初刻本、康熙三十年(1691)书林余圣久刻本、1931年扫叶山房校正本、上海广益书局印行本，日本元和三年(1617)刻本、宽文六年(1666)刊本、延宝五年(1677)村上平寺刻本等。1988年江苏科技出版社出版了校注本。
全书分内外集，自谓“医能知此内外门户，而后可以设法治病，不致循蒙执方，夭枉人命，故题之曰《医学入门》。共9卷。得首载医学略论、医家传略、经穴图说及运气、保养等。卷1为经络、脏腑、诊法、针灸。卷2～3为本草、六气为病、疾病用药、食治等。卷4～8为内外妇儿诸科证治和急救方。
本书正文为歌赋，以注补充阐述。注文引录各家之说，附以己见，书末为“习医规格”，论述对习医者的学习与医德修养要求，强调医者应有扎实的理论基础与广泛的专业知识，应忠于职守。
八、《赤水玄珠全集》
《赤水玄珠全集》简称《赤水玄珠》，又名《孙氏医书三种》，孙一奎撰。刊于万历十二年（1584)。现存刻本有明副本、四库全书本、1914年上海著易堂书局铅印本、1986年人民卫生出版社点校本等10多种。
全书共37卷，《赤水玄珠》30卷，分76门，论述内外妇儿各科病症，每门再条分缕析，分述因、证、治方、附诸家治验。本书以明证为主，广辑《内经》及其后170劝余种医著，结合自已经验，编撰成书。
《医旨绪余》2卷，为《赤水玄珠》续编。上卷44篇，下卷26篇。集诸家之说，辨论脏腑、气血、经络、腧穴。阐述太极、阴阳、五行，解释命门、相火、三焦之意。对前代诸家学说，评述较为公允。
《孙氏医案》又名《孙文垣医案》，5卷。由子泰来、明来及门人余煌等整理而成。按孙氏行医地区顺序编写，分《三吴治验》2卷、《新都治验》2卷、《宜兴治验》1卷。共集医案300多例，各案以时间为序，少叙医理，多论证治，与前两书相辅相成。
本书汇集明代以前诸家之粹，所论精辟，是一部有参考价值的综合性医书。
九、《本草纲目》
《本草纲目》系本草学、博物学巨著。李时珍撰成于1578年。万历二十一年(1593)，乃由金陵胡成龙刻成出版，称金陵本。据金陵版题名，药图为其子李建中辑，李建元、李建木绘。
《本草纲目》问世后，400多年来，刻印数十次，版本众多，有“一祖三系”之称。一祖即金陵本，又分为江西本、钱本、张本三个系统。祖本金陵本含摄元堂本，存世仅7部，江西本系统流行于明末清初，又包括江西本(1603)、湖北本、石渠阁本、立达堂本、十竹斋本、宽永本(日本)、张朝本、金阊本、五芝堂本、人民卫生出版社校点本(1977～1981)等12种，钱本系统流行于清初、中期，包括钱蔚起本(武林钱衡本，1640)、日本承应二年本(1653)、太和堂本、日本万治二年本(1659)、本立堂本、文会堂本、四库全书本、同文堂袖珍本等38种。张本系统，清末以后流行，有张绍棠本(味古斋本)，刻于1885年，文字参校江西本、钱本二系，药图依钱本改绘(400余幅)，附有清代赵学敏《本草纲目拾遗》，流传甚广。此外还有鸿宝斋本、图书集成局本、同文书局本、萃文书局本、商务本、日本半田屋本(1913年刻，1919年再版。名为《补注本草纲目》，附《汉药本别名共通索引》)、台北文光本、九龙求实出版社本、人民卫生出版社影印本(1957)、香港商务本等18种。
全书共52卷，载药1892种，其中植物药1094种。矿物、动物及其他药798种，有374种为李氏所新增。附图1109幅，方剂11096首，其中有8000多首方剂为李氏收集或拟定的。
本书问世后，促进了国内对本草学、生物学的研究，涌现出一批以《本草纲目》提供的资料为主，选药精当的实用型的本草学著作，有药有图有方，切于临床应用，如《本草选》、《本草汇言》等，出现了一些扩充性和拾遗性的著作，如《本草纲目拾遗》、《植物名实图考》等，1606年该书传入日本，后又通过各种途径传入欧洲，在国外产生了很大影响，出现了英、法、德、日等多种文字的节译本。
十、《万病回春》
《万病回春》，龚廷贤撰于万历十五年(1587)，刊本甚多。现存最早者是万历三十年(1602)金陵周氏重刊本，其他有万历四十三年(1615)经纶堂重刊本、明活字印本。阊门书林叶龙溪刻本，清代康熙、道光、同治年间各种刻本，近现代重刊本和日本元和活字本，共30多种。明活字本题作《新刊万病回春》、道光二十五年(1845)桐石山房刻本作《新刊增补万病回春》、明善成堂本作《新刊增补万病回春原本》，绿慎堂本等作《详校万病回春》，锦章书同铅印本作《增补万病回春》。1984年人民卫生出版社以清代江东书局石印本为底本，参照其他版本校补、勘误后而印行。
全书共8卷。卷1前列“万金统一述”，总论天地人、阴阳五行、脏腑功能、主病脉证等。次载药性歌、诸病主药、脏腑、经脉等项目。卷2～8分别论述内外妇儿五官等科病证184种，每病均阐述病因、病机、治法，方药等内容，后附医案。卷末附“云林暇笔”，载有“医家十要”等，有的版本还附有“龚氏家训”等篇。
龚氏辨证详明，选方精当，论治恰切。书末所附“医家十要”，广泛涉及医学伦理学、医学社会学的问题，很有参考价值。
十一、《名医类案》
系医案著作，江氏父子编辑。广辑明以前医药著作以及《史记》、《三国志》、《抱朴子》、《夷坚志》等史传子集文献，从中收集名医治验例案，历时二十载，于嘉靖二十八年(1591)，方得刊行。清乾隆间，魏琇以校阅，详尽考订江氏父子存在的疏漏和脱文，探本求源，补缺正误；鲍廷博重刊乾隆三十五年(1770)的知不足斋本，即目前通行本所据的底本。此外，有四库全书本、清光绪二十年(1894)耕余堂铅印本等10多种。
全书共12卷，按病证分为205门，以内科病案为主，兼及外、妇、儿、五官、口腔等病症。所辑医案，上自秦越人，淳于意，下至无明诸家，凡辨证精详、治法奇验者，皆予收录。每案详载姓名、年龄、体质、症状、诊断和治疗，故述较完整，理法方药亦相契合。案或详于证，或详于因，或详于治，均有依据。在一些医案后，并加有案语，阐发己见。
本书为我国第一部医案专著。既是明以前著名医家临床经验的总结，也是中医理论与临床实践密切结合的典范，具有较高的文献价值和临床价值。
十二、《针灸大成》
《针灸大成》又名《针灸大全》，杨继洲撰，靳贤校正。万历二十九年(1601)刊行。本书至今已有50多种版本。通行本是10卷本，包括初刻本、清顺治丁酉(1657)李桂月刊本、人民卫生出版社1963年排印本、1984年校释本。
全书共10卷。卷1是理论部分，卷2～3为歌赋。卷4为仰伏人尺寸图，背俞、腹部穴歇，寸法，九针论，针法、补泻，针灸禁忌等；“经络迎随设为问答”，是杨氏手法的经验总结。卷5为井荥俞原经合穴、子午流注针法及灵龟飞腾八穴针法。卷6～7为五脏六腑及十四经穴的主治、经穴歌及考证穴法、奇经、络脉、经筋、要穴、经外奇穴等。卷8首载《神应经》da法，次论内、外、五官、妇、儿科共23门疾病的针灸台疗。卷9首论治症总要，末附杨氏的31个医案。卷10为附篇，辑录陈氏(佚名)的《小儿按摩经》，使之成为唯一传本。
十三、《证治准绳》
《证治准绳》又名《六科证治准绳》或《六科准绳》，王肯堂编撰。书成后，历代均有刊本，主要有万历初刻本、四库全书本、图书集成本；1957年上海科技出版社铅印本等17种，1059年上海科技出版社缩影本附有各科病证索引。《类方》外均有单行本，还有日本翻副本。
全书共44卷。《杂病证治准绳》卷1～6专论内科杂病，分诸中、诸伤、寒热、诸气、诸呕逆、诸血、诸痛、痿痹、诸风、神志、杂门、大小腑等12门，131种病证，卷7～8为七窍门，包括五官、咽喉、毛发、筋骨、皮肤、蛊虫等19种病证。各门前有总论，后按病证分述，不载方药。各证下再详列不同病症，辨证精细，分析入微，《杂病证治类方》按《杂病证治准绳》而分类列方。
《伤寒证治准绳》8卷。卷1为伤寒总例，卷2～7为六经病证、合病、坏病、狐惑、百合病、瘥后诸病、阴阳易、春温、夏署、秋疟等，以及妇人、小儿伤寒。论述以《伤寒论》方论为主，广集各家治法，并注明出处。
《疡医证治准绳》又名《疡科证治准绳》，6卷。卷1～5专论外科病证，卷6为损伤，对人体骨骼解剖叙述最详，颇为正确。
《幼科证治准绳》宗钱乙按五脏分证编次。卷1为初生门，首载证治通论，次叙初生胎疾。卷2肝部，含惊搐、痫、中风、眼目、淋、疝、咽喉等。卷3～6为心部，包括发热、心痛、烦操、舌、失血、语迟、疮疡等，又着重论述痘疹。卷7～8为脾部，含不乳食、吐泻、痢、疳、痞、黄疸等。卷9为肺、肾部，内容有咳嗽、喘、悲哭、龟胸、脱肛、囱陷、五迟、五软等。列证详备，有论有方。
《女科证治准绳》取自陈自明《妇人大全良方》卷1为治法通论，列通治妇人诸疾方，次为调经门；卷2～3为杂证门；卷4～5为胎前门；卷6为产后门。各门又分病证论述，每证有论有方，所引资料，皆有出处，本书为明代妇产科学的代表作。
《证治准绳》收罗广博，编辑严谨，持论平正，是十七世纪流传最广的医学著作之一。批12卷本，有咸丰十年(1860)海宁许楣刊本、光绪十九年(1893)图书集成印书局铅印本等20多种。1956年人民卫生出版社影印本为目前通行本。
全书初刻共4卷。卷1以歌诀加注开章，概括阐述外科疾患的病因、病机、诊断、治疗等，次叙外科常用方16首。再绘疮疡部位、形状图30多幅，以“痈疽诸证疮名十律”终篇，卷2～4，分论外科常见病120多种，每病述病机、症象、治法，并示验案，末载方药，本书内容丰富，论证详明，选方精当，附图明了，歌诀易记，是外科学中出色的著作。
本书以“列证最详、论治最精”而著称。
书中“医家五戒”、“医家十要”为医生制定守则，提出医德、医术等方面的行为准则，在中国医德史上颇有影响。
十四、《济阴纲目》
《济阴纲目》系妇产科专著，武之望辑。本书对《女科证治准绳》内容重加编次，分医论、医方二部，眉目更为清晰。本书初刊于万历四十八年(1620)，为5卷本，次年重刻，康熙四年(1665)，汪琪因“原版无存，世人每欲购求遗本，真如丹经仙，可思而不可得”，乃予笺择重订，删去武氏自撰6篇医论，增加眉批1430余条，改为14卷付梓。14卷本大量刊行，版本达36种。1958年上海科技出版社影印此书，遂成此通行本。
全书5卷，卷1为调经、经闭、崩漏、赤白带下诸门。卷2分虚劳、血风、积块、浮肿、前阴诸疾等门。卷3～5分别为求子、胎前、临产、产后、乳病诸门，选方较详尽，后世视为妇产科的重要参考书。
十五、《景岳全书》
本书系统综合性医书。张介宾撰于天启四年(1624)。系在博采诸家之说基础上，结合个人学术见解及临床经验撰成的。现存版本30多种，有明刊本、康熙三十九年(1700)刊本、瀛海贾棠刻本、越郡黎照楼刊本、岳峙楼刊本、四库全书本、金阊书业堂刊本、敦化刊本、扫叶山房刊本等，1959年上海科技出版社影印本。
全书共64卷，分16种。第一种为“传忠录”(卷1～3)，系医论，着重阐述“阳非有余，阴常不足”的学说观点，对刘完素、朱丹溪用寒凉攻伐，多所非议，倡导温补。第二种“脉神章”(卷4～6)。主要论述脉诊及其它诊断方法。以下为各论。第三种“伤寒典”(卷7～8)。第四种“杂证漠”(卷9～37)，第五种“妇人规”(卷38～39)第六种“小儿则”(卷40～41)，第七、八种分别是“麻疹诠”(卷42)“痘疹诠”(卷43～45)，第九种“外科钤”（卷46～47），第十种“本草正”(卷48～49)，载药290种，第十一至十六种为方剂，共载方2624首，还载有砭法、灸法等12法。
十六、《霉疮秘录》
《霉疮秘录》系陈司成所撰，崇帧五年(1632)梓行。系梅毒专著，分总说、或问、治验、方法、宜忌五部分。该书论述了梅毒的传染途径，对一、二期梅毒的硬下疳、扁平湿疣、梅毒性斑疹、环形丘疹、白斑、鳞屑损害、晚期树胶肿损害，骨关节和神经系统受累症状，胎传梅毒的特殊表现，都有相当准确的描述。提出必须彻底治疗等原则，重视预防和防止复发。首创用减毒无机砷剂治疗梅毒的方法。书中列病案29则，载方55首，并述配制及运用方法。在《宜忌》中列举误治病例6个，分析了药物与饮食宜忌的具体要求，
十七、《瘟疫论》
吴有性于崇锁十五年(1642)撰成《温疫沦》，据《四库全书总目》载，《瘟疫论》2卷，补遗1卷，版本主要有清初刻本、四库全书本等。康熙间日本即有刻本，国内阐释发挥之书亦多，乾隆四十九年(1784)晚翠堂等刻本作《补注瘟疫论》，同治三年(1864)樊川文成堂等刊本作《温疫论补注》，建国后刊有多种铅印本和评注本。
上卷载论文50篇，阐述瘟疫之病因、病机、证候、治疗，并从多方面论述温疫与伤寒的不同。下卷载文36篇，着重论述温疫的兼证，有数篇论述温疫名实和疫疬证治。
吴氏认为瘟疫之因，为无形之“戾气”，从口鼻侵入人体。戾气有多种，各有“特适”性和“偏中”性，即不同戾气具有侵犯一定脏器的特异性，人或动物对某种戾气也具有不同感受性。提出“能知以物制气，一病只有一药之到病已”的原则。把戾气侵入途径分为“自天受”(空气传染)和“传染受”(接触传染)，既可形成流行之疫，也可出现散发之疫。提出“达原”、“三消”等治法。
吴氏创论外感瘟疫病因及传受途径，实开我国传染病学之先河，对后世戴天章等有很大影响。清代叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英等温病学家并未按吴氏的思路继续探索，而返回中医传统思维方法中，使吴氏民气说未能得到充分发展。
十八、《审视瑶函》
《审视瑶函》又名《眼科大全》、《傅氏眼科审视瑶函》、《审视瑶函眼科大全》，博仁字撰于崇祯十七年(1644)。版本约40多种，有崇帧十七年焕文堂本、济世堂本、宣统元年(1909)上海会文堂石印本、1958年上海卫生出版社铅印本等。全书共6卷。共列108证，300余方：有图说和歌括，内容较丰富；对金针拨障及钩、割、针、烙等眼科手术有详细的说明，对五轮八廓等眼科理论也有系统阐述，本书对后世眼科学术发展很有影响。