(一)日本占领时期之中医药学
日本汉方医学源于中医药学，中医药学传入日本已有干余年历史，在日本曾有过巨大的发展，为日本人民的保健医疗作出了卓越的贡献。公元1868年，天皇睦仁实行明治维新，在医药卫生方面，祟尚追求西方医学，轻视排斥汉方(即中医)医学，取缔已有百年历史的江户医学馆，停办汉医学校、医学馆与医学所，用西医课程考试汉方医师之执业资格。汉方医界虽尽力进行救亡抗争，但终因政府支持灭汉兴洋而成效甚微。虽然汉方医界前仆后继，持续不断斗争了半个多世纪，也未能争取一个合法的地位。
日本于1895年占领我台湾之时，正是日本汉方医学在政令和法律的强制下，已经失去了继续公开抗争的余力。从而步入日本汉方医学发展史上最黑暗的历史时期。台湾中医界在日本的殖民统治下，虽然也多次请求，但终难逃免被公然取缔的命运。台湾之中医药学步入了医师逐年减少，而药店、药业人员逐年增加的畸形发展。本世纪二十年代台湾，可以执业的合格医师数虽有上升，这与昭和年间日本汉医团体之再度崛起，其活动也波及台湾，有着比较密切的关系，然其最重要的因素还是中华民族对自己传统医学信赖的社会基础。现将日本统治台湾的三次有关中医药统计情况列下：
1897年日本占领台省之统计：当时有中医1070人，据当局分析，富有声望者29人，通儒施医者91人，自称祖传者97人，其他均为一般时医，占80%左右。
1901年，日本占领者对台湾中医进行考试(按：日本明治维新对其本土之汉方医生举行考试，主要考西医，其目的是将中医改造成为西医，为消灭取缔中医的一种手段)，然而申请报考者竟多达2l26人，经过考试及格者仍有1097人之多，可见我台省中医界求生存竞争之烈。加上未经考试而有许可证者650人，以及考试不及格但给予同情许可证者156人，因此，台湾本世纪初，有合格中医师1903人。此后，日本为了在台湾推行其消灭中医的政策，不再举办中医考试，从此，中医绝了后来者，三十多年间，中医师只能年年减少，乃至完全消灭。
1931年，日本昭和六年末，当局对我台省各地之医药情况进行了比较系统的调查统计，有医药人员共3l61人，其中本岛人之医生325人，经营中药者2519人，经营洋药者112人；内地人之经营中药者17人，经营洋药者179人；外国人之经营中药者9人，医生共计325人，仅占药物经营者2836人的11.5%，而且这些医生均集中在台北、新竹、台中、台南，而澎湖、花莲港与台东竟无医生，这完全是日本占领者在台推行其消灭中医政策的典型恶果。到1945年台湾回归时，台省持有许可证的中医仅存10人，台湾中医濒临被消灭的境地已可见一斑了。《台湾皇汉医界》第51期编后记称：“查去年台湾总督府所谓之全岛汉药业者，有2545人之多，而洋药业者才有291人也。由是观之，足悉我台民之信用汉药者较之洋药者尚众，然与药最有关联之医生，据同年所调仅残325人而已。灵效之汉药，鉴近虽有中兴之势，而汉医竟归于衰落之途，良可慨也”。
台湾中医药界之救亡斗争：如果说日本占领台湾之初出于政治之考虑，在消灭中医方面尚不如在其本土那么明目张胆，台湾中医所感受的压力还不迫切。然而30年过去了，老年中医相继离世，而不能有任何后继者补充，中医界终于感受到形势之严重，在昭和初日本汉医学界又一次组织学会，与当局进行救亡斗争的影响下，也开始组织学会，创办杂志，动员社会力量，与当局进行说理斗争，争取中医后继人才的培养与合法地位。
在日本统治下的台湾，约与日本“东洋医道会”“皇汉医道会”创立同年，台湾陈茂通氏等，联络东京之医道会，在台创设支部，陈任支部长，由东洋医道会台湾支部发行《台湾皇汉医界》月刊，现仅摘其若干论文之要略，可知台湾中医救亡斗争之状况与结果，林彭辉以《论汉医药将来当有发展可观》为题指出：汉医被日本国法禁止，“然岛民久信汉医，惯用汉药。……”并对当局请愿运动，靡不竭力奋斗，“废餐忘寝，以期保存国粹”。“所最憾者，政府无设汉医学校”，”切望当局诸公，早鉴现代之趋势，俯察下情，急筹设法，俾国粹昌明，共登寿域”。然而终未能对日本当局消灭中医之既定政策产生任何影响，我台省中医因在日本近半个世纪的殖民统治下，已基本上破取缔消灭了。
随着时间的推移，中医已日渐减少，西医之培养由于受到当局的支持，毕业者渐多，加之日本学者到台，关注中药研究者渐多，对于中医或有倡导中西汇通之研究者，则续有发展。然亦议论多而甚少实际研究者。例如，陈寄生以《汉西医药均须研究说》为题，叹“吾台精于汉医者固多，然能取西法参而用之者，寥苦辰星”，他佩服陈好敕“先生不但汉医精微，对西法之潜心研究，实有出人意外者”，他希望“人人能如好敕先生，则吾台皇汉医道之发达，定能昌大其将来世”，在这一思潮影响下，一些中医由于当局限制消灭中医的政策所迫，由钻研中医学问转而学习西医，以谋出路。史实说明，由于当局并无支持之意，这种希望只能成为学者们不能实现的幻想。
日据时期台湾著名中医师：台湾在日本侵占之初，中医队伍还很壮大，且不乏医术高明之士。据有关文献收载综合其知名者约60人，比明清之知名者高出倍余。现仅举其代表人物简介如下：
吴得福(?～1895)，台北大安庄人，吴氏崇尚道教，兼通医药，治病多效，名闻乡里。公元1895年日本派军侵占台湾时，他便参加了抗日运动，不幸于同年8月31日为日军所俘，竟公然被判处死刑。吴得福不堪狱中虐待而自杀。
丁宝鋆(1874～1911)，字锡奎，号士庄，赋性聪敏，为人厚道忠诚，勤于攻读，博采群书，年21岁因反抗日军占领台湾，随兄到泉州避难，适逢晋江科期，乃报名应试，及第庠生。不久，于光绪二十四年(1898)回到台湾，此时台湾鼠疫流行，死者甚众，他触景伤情，发奋攻读医书，得张仲景《伤寒论》与《金匮要略》朝夕诵读以求明医之理，其后又钻研《黄帝内经》与《难经》等经典医籍，对医理与临床诊治经验的积累日丰，治疗效果也不断提高，人谓“手出药方，多见奇效”。他医德高尚，不收谢礼，惜年仅37岁而终。
黄瑶琨(1874～1925?)，号青华，著名中医黄玉阶之介弟，少时学习岐黄之术，年长后医术更精，1897年毕业于国语学校第三附属速成科。后入“本省人医师养成所”肆业，适逢该校改为医学校，成为该校的第一届毕业生，是为台省人最早的西医师，任台北医院医务助手，工作三年后辞职，自己开设“日新医馆”。后又任台中厅员林公医，于1914年返回台北，再次在大稻埕悬壶问世，并对地方公益事业多所贡献。
杨棕(1881～1932)，彰化街(今彰化市)人，字炳棕，其高祖于清代中期迁居台湾鹿港棋盘厝，1888年移居彰化街西门。祖父杨地富，父亲杨安坐，均以医为业。杨棕为安坐之长子，继承父、祖之遗志，在彰化悬壶济世，很受群众敬重，1900年杨棕创办“杨棕医院”，求医者日众。杨氏医德高尚，若有贫寒者就医，不但不收药费，有时还自备出诊轿车往治，甚至遇有不治之病患，死后无力埋葬者，他还赠予棺木等费用。1930年为了满足需要还扩建贫民病房10余间，收治贫民患者住院治疗，改“杨棕医院”为“璜溪医院”，扩大了诊治范围，由此名闻遐迩，北至新竹，南到嘉义，叩门求医者络绎不绝。
尤子樵，台北人，初学儒，后跟台湾著名中医学家黄玉阶攻读岐黄之术，特别对慢性疑难病症颇多治验，与当时名医鹿港乾、叶炼金齐名。尤以妇科、伤寒之病症，每因中西医诊治罔效者，经他施治多转危为安，被誉为台北首屈一指的中医。
许一壶，原籍海南，移居嘉邑之竹林庄。名如栋，早年父母双亡，稍长即外出游浪，为人司会计事，其间多与方技家交往，虚心请教学习。凡葛洪《肘后方》之书，华佗五禽戏之术，都勤学博采，极意搜寻，务得其要领而后罢。多年的积累，使自己医疗技术日益丰富，求其诊治者接踵而至，时人以董奉杏林誊之，医名大振。由于台地山岚瘴气严重，谋财之奸商庸医不少，劣药充市，许氏对此十分愤慨。他常说：“人命非可草荐视者，……吾其为韩伯休乎”。对自己所用之药“非地道者不采置”，更加勤奋情考《神农本草经》、《雷公》遗法，尊古炮制，作到药精而价廉，颇为人们所崇敬，晚年入山林隐居不出，享年七十有四。
(二)日本据台时期的现代医学(1895～1945)
1894年日本发动对华侵略战争，即“甲午战争”，迫使清朝廷签订了丧权辱国的《马关条约》，从此台湾和澎湖列岛不幸沦亡，被日本侵略者占据。从1895年开始，台湾人民在日本殖民者统治下生活了半个世纪。日本统治者出于其殖民利益的需要，对台湾医学显示了一定的关注，形成此时期医学发展的某些特定环境与状况。
1、医疗卫生行政
日本占据台湾后，设总督府于台北。在卫生行政方面，分设中央及地方卫生行政机关。初置卫生事务所于台总督府官房，主管台湾卫生事务，由民政局内务部警察课掌管保健卫生，由军部办理医事卫生。因官制改订，几经变革后，设卫生课隶属总督府警务局，为中央卫生行政机关，掌管岛内一般卫生行政。其主管业务包括：传染病及地方病、卫生保健、海港检疫、上水(饮用水)及下水(水沟)和市区及港湾之卫生计划、医制及药制、官公立医院、取缔鸦片及其代用品，有关济生会及其他施药事项。地方行政机关有台北、新竹、台中、台南及高维五州及台东、花莲港、澎湖三厅，各州警务部置卫生课、各厅警务课置卫生系，以分掌各地方之卫生行政事务。
2、医学教育
日本据台后，总督府于1895年6月20日在台北大稻埕千秋街创立了台湾病院(后改称台北病院，再改称台北医院)。两年后，即1897年4月，台北医皖院长山口秀高在院内设立医学讲习所，集台湾子弟约30名施以近代医学教育，入学者多为日语传习所毕业生、医生(中医师)，及药店弟子，初期由台北医院派医师四名，药局人员两名担任教学，教授一般课程(物理、化学、数学、地理、历史、动植物学等)及医学，此为日本据台后医学教育之开始。此试办之医学讲习所颇具成效，乃于1899年制定总督内医学校官制，4月正式成立台湾总督府医学校。1902年5月11日第一届本科学生3名毕业。第二届仅有毕业生1名。第三届10名。第四届9名。第五届增加到23名。其后，年有所增，医学教育逐渐步上轨道。早期的医学校没有属于自己的医院，而基于日本殖民主义者对台湾人的歧视，以日本病人为主体的台北医院不开放给台湾学生做临床学习，只能由日本教师率领台湾学生远路到台北仁济院或行旅病人收容所做临床实习。
日本统治台湾时期所设之最高学府为台北帝国大学。该校开设之初，只设文政、理农两学部，至l936年始设立医学部，以台湾总督府台北医学专门学校校舍改充医学部之用。1936年1月7日，制定台北帝国大学医学部规程，3月23日任命三田定则为该学部第一代部长。台北帝国大学医学部的教授多由日本本土各大学教授、副教授中选拔，一部分由台北医学专门学校或台北医院主任级医师转任。杜聪明为台北帝国大学医学部中唯一的台湾人教授，1937年三田定则升任台北帝国大学总长，由东京帝国大学名誊教授永井潜接任医学部长。台北医院移管，成为台北帝国大学附属医院，小田俊郎任初代院长。
1945年8月15日日本投降，10月2日台湾终于光复。台北帝国大学由国民政府派员接收，改为“国立台湾大学”，医学部改为“医学院”，由原台北帝国大学医学部教授杜聪明任院长。附属病院改为“附设医院”，由大陆来台的陈礼节任院长。
3、有关疾病
日本占据台湾后迄大正年代初期，台湾地区死亡率最高的疾病是疟疾，每年因疟疾死亡的人数高达1万人。其后，逐渐减少。1907年前后，死于肺炎的比率逐渐升高，至1917年肺炎已占台湾本岛死亡原因的首位。其次是下痢肠炎和肺结核。
(1)急性传染病
台湾的急性传染病有鼠疫、肠伤寒、赤痢、霍乱、天花、流行性脑脊髓膜炎、疟疾、恙虫病等。
①鼠疫：日本占据台湾初期，急性传染病中以鼠疫最为猖厥，1896年台湾有鼠疫大流行，系由厦门进入安平之帆船带来此病。安平发生病人40～50名，台南也有救十名，稍后又经淡水侵入台北。最先发现此病者为日军驻台南部队二等军医村上弥若。他将从病人腺肿液培养出的检体送往东京军医学校教官冈田国太郎请求判定，结果证实此乃Yersin鼠疫杆菌(Yersinia Pestis)，这是首次给日本人检出之Yersin杆菌。当时尚不明确鼠疫流行与鼠的关系，但鼠疫流行前后老鼠大量死亡这一事实已引起了台湾和香港的有关人士的注意。同年11月，鼠疫流行仍无止息迹象，也缺乏有效的预防办法，遂邀请东京帝国大学教授绪方正规、山极胜三郎来台做细菌病理和临床研究。在台北小南门外设立了鼠疫研究室，堀内次雄辅佐工作。他们证实了鼠和人类之鼠疫为同一病原体Yersinia Pestis，而附着于老鼠的吸血昆虫跳蚤为传播媒介。于是，遂加强灭鼠以防止鼠疫蔓延。然而，贸易船只的往来，使台湾的鼠疫一直继续不断，流行达22年之久，患者总数达301901人，死者达24104人。
②疟疾：自古以来，台湾被视为瘴疫之区，人临其境，多罹病而死。这种情形即使到了19世纪末仍未有改善。其中威胁岛民健康最为严重者就是疟疾，当时尚不知疟疾系由蚊虫传播，而相信是由地面升起的瘴气所引起，故西人来台者常将睡床架高以防瘴气。直至1898年，日本占据台湾的三年后，才由Ronald Ross和Manson证实疟疾由疟蚊(Anopheles)蚊传播。此后一时期内，对Anopheles蚊的研究很多。木下嘉士朗1901年最先报告台湾有疟蚊存在。羽鸟重郎在台北搜集调查蚊虫并羽化出新种，命名为台湾疟蚊。1902年发现四日热疟疾原虫。其后，经研究确定的蚊种类达14种之多。
1913年开始防疟工作，制定了防疟规则。在特定地点依据实验资料检出疟原虫保有者，对Anopheles蚊孽生之沼泽、水池、排水沟等撤药灭蚊。并对全岛采血验出之原虫保有者，予以奎宁内服治疗，1919年在台湾总督府中央研究所设置了疟疾治疗实验所。诚如前述，疟疾曾经是台湾省死亡率最高的疾病，后因防疫奏效，死亡人数显著降低，但仍未能根绝。在二次大战结束之前，疟疾仍高居台湾地方病之首。
③霍乱：1895年日军侵入台湾时，正值霍乱流行，当时澎湖诸岛亦有流行。此后，于1902年、1919年及1920年均有大流行，尤以1920年之流行为烈，流行于台北、台南及澎湖诸岛，病人3836名，死2693名。翌年疫情再燃，流行于台中以南之西部地区，其后迄1941年有6次局部流行。
④天然痘(天花)：与霍乱同样主要由境外传入，1906年一月颁布台湾种痘法后，每年定期施行一次种痘。有发生天然痘的地区，则实施临时种痘。后仿效日本本土，达十岁时第二次种痘，预防的效果较为显著。超过500人的流行只有1920年1次而已。所使用的疫苗最初由日本输入，大正时代由台湾总督府中央研究所卫生部制造，自给自足，热带医学研究所成立后，使用台湾水牛制造痘苗以供岛内需要。
⑤肠伤寒及副伤寒：1905年堀内次雄首次在台湾本岛检出B型副伤寒杆菌，1907年黑川嘉雄检出了A型副伤寒杆茵，台湾的肠伤寒流行迄1905年，每年发生数均在200名以下，但由1912年以后急剧增加，超过1000名。好发于都市、日本人之罹病率高是其特征。总督府卫生课技师下条久马一与曾田长宗分伤寒杆菌为12型，追究菌型以探讨此病感染途径，有助于防疫。
⑥痢疾：台湾有阿米巴痢疾，称台湾痢疾，常会引起肝肿疡。1905年海军军区田代丰吉郎在澎湖岛马公首次检出痢疾杆茵。总之，痢疾在台湾未见大流行。自1904年至1941年之间，细菌性痢疾和阿米巴痢疾合计每年有100～600名病人，年间死亡人数最多不到200名，杜聪明及邱添贤研究中药发现木瓜叶中富有对阿米巴有强烈毒杀作用的有效成分。
⑦流行性脑脊髓膜炎：堀内次雄、蒲池佐太最先报告本病。1918年1月，在台北及各地发生流行，其后20多年间，发生若干散发病人。1923年间，有较大的流行。
⑧恙虫病：根据1911～3943年间的报告，台湾的恙虫病人共计3921人，分布于台北、桃园、新竹、台中、南投、嘉义、台南、高雄、屏东、台东、花莲、宜兰、澎湖等13个县市、兰屿及澎佳屿，1908年在花莲港厅辖山地发生类似肠伤寒之热性病人，俗称木瓜热。其后在各地发现此病。1914年太鲁阁山地日军讨伐队员多数发病，卫生班之羽鸟重郎进行本病之流行病学及临床观察，于1915年在台湾医学会杂志上发表文章，称之为“发疹性腺肿热”，酷似日本新泻地方之恙虫病。1920年新泻医科大学之川村麟也和山口正道来台确认新泻系恙虫病毒与台湾系恙虫病毒之间成立交叉免疫。台湾恙虫病之死亡率为10.7%，远较日本本土之31.5%～36.8%为低。
(2)地方病、寄生虫病与毒蛇咬伤
①甲状腺肿：此为台湾广泛分布的地方病之一，其病因与饮水中钙含量过高和碘含量过低有关，甲状腺肿在台北州浊水溪上游、新竹州大溪一带、台中州埔里地方、高雄州、台东及花莲港山地均有分布，山地人发生率最高，台湾本岛人次之。
②寄生虫：在台湾最早发现报导的寄生虫病为肺吸虫。英国医师林格于1879年在淡水发现首例人体肺吸虫患者，1915年中川幸庵在台湾新竹发现竹东郡山地部落溪流中的赤蟹及毛蟹为传染肺吸虫的第二中间宿主，1917年横川定证实了淡水螺为肺吸虫的第一中间宿主。
其他一般肠寄生虫病之感染率很高，蛔虫、钩虫、鞭虫及蛲虫最为普遍。
③毒蛇咬伤：台湾岛跨热带及亚热带，四时气温高，雨量丰富，草木郁葱，适合蛇类栖息生长。迄1941年台湾已发现蛇类51种，其中有15种为毒蛇。岛民被毒蛇咬伤，屡见不鲜，因而致死者亦为数不少。根据总督府的调查，1897年至1903年间，全岛遭毒蛇咬伤人数为1853人，1901年至1938年间，毒蛇咬伤人数为12645人，死亡者为839人。
在台湾最早开始从事毒蛇之研究者为羽鸟重郎(1904)和山口谨尔(1921)，后来台北帝国大学药理学教研室以杜聪明教授为主所展开的蛇毒之药理学及毒物学的研究为蛇毒之研究开创了新的领域。他和门生的实验归结出蛇毒可分为出血性蛇毒与神经性蛇毒。
4、医学人物
这一期间，台湾医界最杰出的人物是杜聪明博士，杜聪明(1893～1986)，号思牧，生于台北谈水三芝乡北新庄子，祖籍福建泉州，17岁考入台湾总督府医学校，1914年以首席毕业，1916年东渡日本，入京都帝国大学药物学教室，接受森岛库太教授的指导。于1922年获得医学博士学位，为台湾有史以来获得博士学位的第一人。1925年12月以台湾总督府在外研究员身份派赴美、加、英、德、法、意六国进修。1937年任台北帝国大学教授，担任药理学讲座。
杜聪明教授一生以“乐学至上，研究第一”的精神，专心致力于台湾的医学研究，在台湾产毒蛇及蛇毒之药理学、鸦片烟及吗啡类慢性中毒及中药药理学的研究等方面，成绩卓著，获得国际声誉。1939年第13回日本药理学会在台湾举行，由杜聪明任会长。在杜先生领导的台北医学专门学校及台北帝国大学医学部药理学教室里培养出很多杰出的药理学家。1945年日本投降，结束了对台湾的统治，台北帝国大学医学部改称台湾大学医学院，杜聪明出任首任院长，并一手创立了高雄医学院，为台湾培养了无数医学人才，誉为台湾医学之父。