一、 卫生行政系统的初创
中央卫生机构的演变
我国近代卫生事业的创办，始于1905年清政府于巡警部警保司内设卫生科。卫生科职掌为考核医学堂之设置，考验医生给照，并管理清道、防疫、计划及审定一切卫生、保健章程。巡警部警保司设有卫生科，这是我国政府机关的名称里第一次出现“卫生”一词，即第一次出现专管公共卫生的机构。1906年，预备立宪厘定官制，改巡警部为民政部，仍设五司，但机构设置作了调整，将卫生科升为卫生司。卫生司设保健、检疫、方术三科。辛亥革命后，林文庆任内务部卫生司长。政府旋即由南京迁往北京后，伍晟任卫生司长。到1913年，卫生司改为内务部警政司卫生科。1916年仍恢复为卫生司，内务部卫生司的执掌项目如下：
传染病及地方病的预防及预防接种以及其他卫生事项；海港及铁道的检疫；医师及药师的监督管理(西医)；药品及药业的化验及管理(西药)；卫生协会、地方卫生机关及医院有关事项的管理。另外有两个由卫生司直辖的卫生机关：卫生试验所和卫生展览馆。
地方卫生机构的发展
1898年在上海市公共租界内设立卫生处，由外人主办租界内的公共卫生业务，为西方国家派遣来我国经商、设立教会、医院、学校等的各种侨民服务。1900年天津设立的都统衙门附有卫生局，管辖地方卫生工作。以后，由清廷收回自办，改称北洋局。这是我国地方卫生行政组织的开端。
年巡警部建立后，虽然开始管理各省巡警，但由于各省未建立统一的卫生行政机构，自行其事的局面仍不能从根本上改变。1907年各省增设巡警道，各省的巡警制度才得统一。巡警道下设有卫生课，“掌卫生警察之事，凡清道、防疫、检查食物、屠宰、考验医务、医科及官立医院各事项皆属之，”巡警道设卫生课是我国直省机构中第一次统一出现医药卫生机构。
清末地方机构改革，地方自治成为热点。地方自治以专办地方公益事宣，卫生是其中的一项，具体内容为：清洁道路，蠲除污秽，施医药局，医院医学堂、戒烟会，其他关于本城镇乡卫生之事。
虽然从中央到各行省，到各州县，到各城镇乡，都有了掌管卫生事宜的机构，制定了一些制度，但由于清朝的覆亡，基本上未能实施。
至于我国城市政府机关自办的，有组织的公共卫生机构，则以北京市内左一区设立试办的公共卫生事务所为最早。该所是于1925年在京师警察厅下，由北京协和医学院卫生科协助创设的，其工作范围包括生命统计、传染病管理、妇婴卫生、学校卫生及卫生教育、工厂卫生、疾病医疗、环境卫生稽查等项目。所长由当时内务部所属的中央防疫处处长方石珊兼任。课长由中央防疫处技师金宝善和北京协和医学院教师胡鸿基、黄子方、杨祟瑞等兼任，一切卫生工作都由北京协和医学院卫生学科教授兰安生(GrantJB．)规划督导，事务所设立各项训练班，招收我国医务卫生人员在该所受训和任职。国民政府成立以后，先后设立的中央及地方卫生机关中的主要职员，几乎全都由该所出身的人员担任。
医药卫生法规
1906年五大臣出访各国时，着重调查各国法律施行情况，为回国后的法律改革作准备。1907年清廷成立修订法律馆，陆续制定大清新刑律、民法等法典，其中便有关于医药卫生的法规，新刑律与医药卫生相关的有：第24章关于饮料水之罪、第25章关于卫生之罪、第27章关于堕胎之罪。新刑律和违警律中，虽然有医药条款，但必竟不是专门的医药法规。
清末已经出现了地方性的专门医药法规。
《医学报》记载有《浙江医药营业暂行规则》，共有19条。其主要内容为对医生营业的注册及对医生的考验，再及医生的行为规则。医生犯罪，除受应得的刑罚外，还得申请巡警道暂停或禁止营业。平时，医生门前须写清诊金数额，不得无故提价，亦无故不得拒诊。最后声明，此规则先在省城杭州施行，其它府厅州县暂缓。
二、中央卫生行政组织系统的确立
中央卫生理制
北伐战争结束后，国民政府为了加强卫生行政管理，于1927年在内政部下置卫生司，掌管卫生行政事宜。1928年11月改设立卫生部，卫生部内设总务、医政、保健、防疫、统计五司；另设中央卫生委员会为设计审议机构。其后又陆续增设中央医院、中央卫生试验所、西北防疫处、蒙绥防疫处、麻醉药品经理处、公共卫生人员训练所、及各海关检疫所等机构，中央卫生行政体制渐形完备。同年12月，国民政府公布《全国卫生行政系统大纲》，规定省设卫生处，市县设卫生局，各大海港及国境冲要地设海陆检疫所，卫生行改建制，至此始告确定。
1932年擞消卫生部，改设卫生署，隶属于内政部，内设总务、医政、保健三科。1932年9月，全国经济委员会设中央卫生设施实验处，负责创设各项卫生事业的实验与研究，为全国最高卫生技术机构。内政部与教育部还合设医学、助产、护士教育委员会，教育部设有卫生教育设计委员会，规划并推进医学教育工作。
其他中央行政部门的医事卫生组织
军政部下设军医司(后改为军医署)，但又另设军医监理委员会，促进军医各机构的改善，并改组陆军军医学校。由卫生署长刘瑞恒兼任军医监理委员会的主任委员和军医学校校长，并由卫生署所属的卫生实验处、中央医院的高级医务卫生人员兼任委员及教官，利用卫生机关的技术设备借以改善军事机构内的各级军医组织的素质。实业部设有工厂检查处，处内有卫生检查一项，由卫生署派员参加管理。铁道部设有卫生处，由胡宣明担任处长。
1931年长江发生大水，行政院临时设立扬子江水灾救济委员会，会内设卫生处，由卫生署派员担任处长，前往武昌、汉口、汉阳等难民群集地区，设立诊所、医院，收治患病的灾民，办理环境卫生和传染病的防治。
中央卫生机构的演变
“七七”事变发生后，卫生署由南京迁往汉口，卫生署改隶内政部。1938年卫生署随内政部西迁重庆，1941年卫生署改隶行政院，组织扩大，署内设医政、保健、防疫、总务等四处，卫生署将在贵阳的卫生实验处迁往重庆，改为中央卫生实验院，同时卫生署在贵阳的卫生人员训练所也迁重庆，合并入中央卫生实验院，由该院继续办理专业人员的训练。
抗日战争期间，卫生署所属的中央医院由南京迁往贵阳，在重庆另设中央医院，卫生署所属的中央防疫处由南京迁往昆明，继续制造各种生物制品，以供西南各省地方医疗卫生机构防治传染病的使用。卫生署所属的麻醉药品经理处和卫生器材修造厂从南京迁到重庆附近的合州，继续制造医用麻醉药品和若干简单医疗器材，以供内地各省医疗机构的使用。
卫生署在抗日战争期间在各地方组织救护工作，如于1937年春季制订非常时期救护工作纲要，促使各地卫生、医疗机关和公共团体组织救护队。1941年，卫生署在重庆设立战时医疗药品经理委员会。卫生署曾先后在交通要道设置医疗防疫队和公路卫生站，吸收从沿海各省、市后迁的医护人员，分别在队，站任职，从事医疗、卫生、防疫工作。
抗战胜利以后，1945年冬季，卫生署从重庆随同行政院迁回南京。1947年春季，卫生署改为卫生部，组织扩大，内设医政、保健、防疫、地方卫生、药政、总务等司。1945—1947年间，卫生署筹办了下列各项机构和措施：
（1）卫生研究机构：在卫生研究方面，中央卫生实验院于1945年迁回南京，并在兰州及北平设立分院，以及成立东北分院，分别办理各该地区的各项卫生问题、卫生事业的实验研究和推行。在医疗研究方面，1945年在南京的战前中央医院院址恢复卫生署直辖的中央医院，在兰州的西北医院改为兰州中央医院，并在广州、天津分别设立卫生署直辖的天津中央医院和广州中央医院，使在各该地区进行疾病诊疗的研究，以促进临床医学的发展。此外，又在南京新建精神病防治院和结核病防治院。在福建设立东南鼠疫防治处，在江苏淮阴成立黑热病防治处。
（2）药品管理及制药机构：1946年，在昆明的中央防疫处，迁往北平的原中央防疫处旧址，改称中央防疫实验处。在兰州的生物制品制造所，继续制供痘苗、疫苗等生物制品，西北防疫处、西北制药厂及卫生用具修造厂合并，迁往上海，创办卫生署直辖的中央生化制药实验处。在重庆的卫生署战时医疗药品经理委员会迁到南京，改组为药品供应处。将卫生署直辖的麻醉药品经理处和医疗器材厂迂回南京；并设立药品食物管理局，负责管理药品的进口和药厂的筹建。
（3）选派医药卫生人员赴美进修：卫生署选派大量医疗卫生人员赴美国的各有关的专业机构及行政管理机构作短期的考察，或进医院和卫生学院进修。选派药业人员赴美国考察药品、食品管理局的检查制度和药厂的管理制度。
三、地方卫生行政机构的建设
地方卫生行政机构在《全国卫生行政系统大纲》颁布后有了较快的发展，北洋政府时期各省、市、县均尚无卫生专管机构的设立，南京政府成立后，省立卫生机构陆续建立起来。1947年，全国有26省设立了卫生处，各省辖卫生机关共214个。
北伐以后，各大城市相继设市，其中一些城市设立了卫生局，主持卫生事宜。抗战之前已有南京、上海、北平、天津、广州、杭州、南昌等7市设立了卫生局，至1947年，设立市卫生局的城市增至14个。有10个城市设卫生处、11市设卫生事务所、8市设卫生科。据不完全统计，各市所辖卫生机构共248个。
县级卫生工作由县卫生院掌管。1934年4月举行的卫生行政技术会议，通过县卫生行政方案，将县卫生机构予以变更，决定县设卫生院，区设卫生所，较大农村设卫生分所，每村设置卫生员，使县卫生行政成为一整个系统。1937年3月卫生署又公布县卫生行政实施办法纲要。据1946年的调查，各省已设卫生院达1013县。县设卫生院达1440所，区卫生分院353所，乡镇卫生所783所。至1947年县级医疗机构共有病床11226张。
南京政府成立后也注意到西北及边疆地区的卫生工作。卫生署为配合中央开发边疆、建设西北政策的实施，于1934年在兰州设立西北防疫处。1935年在绥远设蒙绥防疫处，在开展防疫工作的同时也提供当地居民一般医疗需要及兼办兽疫防治工作。1939年又在兰州设立西北卫生专员办事处，辅导西北各种卫生医疗事业，并设西北医院和西北卫生人员训练所，训练当地的医疗、卫生人员。1944年又将该办事处扩大为西北卫生实验院，从事西北地区卫生问题的实验研究。其他边疆地区，在西康境内设有西昌、会理、雅安、富林4所卫生院(卫生署于1946年将雅安、富林两卫生院移交西康省接办，蒙古卫生院则于1943年改组为伊克昭盟及乌兰察布盟两卫生所，并在宁夏的阿拉善旗增设卫生所1所，分别办理缓蒙及宁蒙一带的卫生医疗业务。
四、医药管理制度及卫生法规
北洋政府时期，尚未建立起医药管理制度，也没有完善的卫生行政系统，如医学学术、医学教育、医师管理归教育部；公共卫生归内政部警察总署；公共防疫和海关检疫归外交部。此外，由国外教会开办的医学教育和医疗机构又有各自独立的系统，也不受北洋政府的管辖。因此，我国的医药卫生管理处于松散状态，各行其事，以致于矛盾重重。由于军阀割据、内战不绝，经济凋弊，政府无暇顾及卫生工作，卫生司亦甚少实际工作。当然，在近代医学迅速发展的形势下，北洋政府也颁布了一些法令和法规，对推动近代西医在中国的传播有积极作用。
1913年11月颁布了《解剖尸体规则》，1914年又公布了《解剖尸体规则施行细则》，使尸体解剖工作得以在医学院校和医院正式开展起来。当时我国传染病流行猖獗，控制传染病是亟待解决的问题之一。1916年3月，北洋政府内务部公布《传染病预防条例》，列出规定的传染病为8种：霍乱、痢疾、肠伤寒、天花、斑疹伤寒、腥红热、白喉和鼠疫。条例还规定了传染病预防的措施、传染病报告等条款，共25条。1918年元月，又公布了《检疫委员会设置规划》、《火车检疫规则》和《清洁方法消毒方法》等法规，对防止传染病传播起到了一定作用。
医药管理方面。1915年，中医界提出国家应实行统一的医药管理的建议，北洋政府未予采纳。但同年10月北洋政府内政部颁布了一个《管理药商章程》，规定药店、卖药行商、制药者均应遵循此章程。章程涉及药商的执照管理、药士的资格管理、药物的剂型、处方用药和毒剧药的管理以及处罚规定等30条。1916年，北洋政府采纳了中华民国医药学会汤尔和的建议，开始进行第一次全国医药状况的调查。调查表格发出后，大多省份未予理采，这次调查以失败告终。1922年5月，北洋政府颁布了《医师(士)管理法令》，但因规定颇严、且医师开业登记费高，《法令》刚一公布就遭到中西医界的强烈反对，北洋政府只得收回成命。1925年，北洋政府又公布了一个中医《医士管理规则》，对中医开业医生要求较宽，照顾到了广大中医开业者的利益。然而，当该规则发布时北洋政府巳危在旦夕，也顾及不上规则的付诸实施了。
南京政府成立后，卫生部1928年12月公布了一个试行的卫生法规《卫生行政系统大纲》，同时还公布了一批有关传染病预防、环境卫生管理、食品卫生管理及接生婆管理等条例和法规。1929年2月，卫生部在南京召开了两个卫生工作会议，一个是讨论卫生事业规划问题；另一次会议主要讨论了医学教育和开业医生的问题。
会后不久，卫生部颁布了“开业医生登记法”。然而，该法案一公布就遭到了开业医生的反对。1929年10月，开业医生在上海召开了一个全国性会议，约有200多人出席。会议通过了成立中国医师联合会以保护医师权利的决议，并要求卫生部取消登记法中不合理的条文，尤其是限制收费的条文。这次会议显示出医生职业团体作为一种社会集团开始在中国医疗卫生活动中发挥作用。
1930年2月，卫生署(卫生部被精简而并入内政部)在召开的第二次年会上，决定出版我国近代第一部药典：《中华药典》。这是近代药政管理工作取得的一项重要成就。《中华药典》于193I年正式领布。
据不完全统计，南京政府至1948年，先后颁布了有关卫生行政方面的法规条例19个；医政管理方面的36个；药政方面的13个；防疫方面的10个；公共卫生方面的16个；医学教育方面的12个；妇幼卫生方面的4个；红十字会方面的6个。虽然这些法规、条例在部分地区发挥过一定的作用，但其只不过是杯水车薪，很难满足实际情况的需要。
五、我国与国际联盟卫生组织的合作
成立于1920年的国际联盟(The League of Nations)是第一次世界大战后建立起来的一个国际性的组织，其宗旨是促进国际合作和世界和平。国际联盟卫生组织(TheHealth Organization of the League ofNations)是依据联盟盟约第23和25条而设立的三个技术机关(经济、交通和卫生)之一，下设顾问委员会和卫生委员会，顾问委员会由统一巴黎的国际公共卫生事务所行其职权，卫生委员会则为联盟的常设技术机关。卫生委员会以解决国际间各项疑感卫生问题为目的，推动与各国卫生行政当局的合作，派遣技术团指导公共卫生事业以促进各国的公共卫生事业。
国联卫生组织设有疫况报告及生命统计机构。负责搜集和分析各国法定传染病的发病和流行情况，调查各国卫生状况。它还设有专门委员会，开展疾病的预防工作，如疟疾病委员会、涝症委员会、鸦片委员会、天花委员会、公共教育委员会等。这些机构对推动公共卫生事业的发展发挥了积极的作用。
中国是国际联盟成员国之一，为发展我国的公共卫生事业，我国医学专家与国际联盟卫生组织开展了积极合作，取得了一定的成效。在1923年9月举行的国际联盟四届常委会第15次会议上，我国代表发表演说，要求控制毒品的生产，加强毒品管理，取缔毒品贸易，欢迎国际间的科学技术和文化交流与合作。
1922—1923年间，国联卫生组织的怀特(WhiteF．)根据宫岛的建议，对远东的流行病流行情况及港口卫生组织进行了调查。其中考察了中国的广州、上海、营口等港口以及东北地区的卫生状况，了解了北京卫生行政处的工作概况。
1925年末，一些医学家向北洋政府建议，邀请怀特来中国做更深入的调查，并且希望通过这一活动，促使政府收回海港检疫权，建立起我国自己管理的海港检疫处，在此基础上推动我国公共卫生事业的发展。恰好此时国联卫生组织医务指导拉西曼(RajemmanI．)正在日本访问，我国便以半官方形式邀请他来北京商讨此事。拉西曼与北洋政府负责中央防疫处的官员和我国医学家进行了认真的磋商，并于1926年4月向国联卫生组织提出了报告。后因北伐战争，合作计划暂时搁置起来，但是我国医界与国联卫生组织的联系却一直保持着。
1929年9月，南京政府卫生部正式向国联卫生组织提出请求，希望国联卫生组织派一个团来中国进行港口卫生和海港检疫考察。11月，拉西曼率国联卫生组织考察团来华。考察团视察了南京、杭州、上海、青岛、大连、沈阳、天津、北平、厦门、广州、香港等我国的主要港口和城市，此外也视察了一些小城镇及乡村。考察团1930年初回日内瓦后，拉西曼向国联卫生组织提交一份报告并得到批准。报告的主要内容包括：（1）国联卫生组织与中国卫生部合作解决中国的卫生问题；（2）国联卫生组织协作改组中国港口检疫组织；（3）在杭州建立一所示范性的国立医院；（4）推动中国医学教育的系统化；（5）协助建立中央卫生设施实验处；（6）与设在新加坡的远东疫况情报局密切合作。
1929年12月，南京政府批准了国联卫生专家和我国专家共同拟定的建立中央卫生设施实验处的计划。1931年5月，中央卫生设施实验处成立，邀请国联卫生组织主任拉西曼担任该处的组织和任务规划，国联卫生组又聘请了南斯拉夫柴格拉勃公共卫生研究院院长鲍谦熙(BorcicB.)帮助规划，仿照该院体制建置。该处最初下设4个部门：1、卫生教育科；2、卫生工程科；3、细菌和流行病控制科；4、化学和药理科。1931年秋，国联疟疾委员会秘书休卡(CiucaM.)来华参加疟疾调查，并协助创建了寄生虫科。1932年秋，该处增设医药救济及社会医学科、流行病和生命统计科。1933年又增设妇幼保健科和工业卫生科。1933年，中央卫生设施实验处改组为卫生实验处，隶属于全国经济委员会。该处从创建至抗战前6年时间里开展了大量的工作，例如，进行了疟疾、血吸虫病、黑热病、鼠疫等重要传染病和寄生虫病的调查与防治；建立了若干市、县的防疫机构；着手部分地区的卫生工程的筹建；制订了生命统计制度；开展了妇婴卫生、学校卫生和卫生教育工作及培养各类专业人员。该处的工作推动了我国公共卫生事业的发展。
抗日战争爆发后，国联卫生组织派了3个国际防疫队来中国：华北防疫队由瑞士医生摩什(Moser)任队长，常驻西安，从事斑疹伤寒的研究和防治工作；华中队由英国医生罗伯生(Robertson)任队长，常驻汉口，开展肠道传染病的防治工作；华南队由法国医生拉斯克(Rusk)任队长，在广西、贵州、云南等地开展疟疾的预防和血吸虫病的调查工作。卫生署派我国专家扬永年在华北、张维在华中、姚永政和王祖祥在华南，分别协同国际防疫队办理防疫事宜。后因战事的影响，国际防疫队不久就停止了活动。
国际联盟的最大成就是推动了各国公共卫生制度的建立和健全。国联卫生组织与中国开展了广泛的合作，国联卫生组织的专家在华进行了多次卫生调查，介绍和引入了公共卫生保健制度、管理体系，对于我国公共卫生事业的发展和传染病防治具有重要影响。这也是我国与国际组织在医疗卫生领域里的首次合作，虽然为期不长，但我国医学家通过合作，为建立和健全我国的医疗卫生体系积累了经验。
六、海港检疫权的收回
早在1863年我国就成立了海关医务所，负责海港检疫等工作。1873年，东南亚地区霍乱流行危及我国，导致了上海海港检疫条例的公布，其后我国其它港口依照上海的海港检疫条例也颁布了类似的条例。如厦门在1882年，汕头在1883年，牛庄(营口)在1900年，汉口在1904年，天津在1906年，等等。这些无疑有利于应付鼠疫、霍乱等流行病的紧急情况。在1910—1911年东北鼠疫流行期间，一些尚未采取措施的港口也陆续公布了检疫条例，如安东、芝罘、广州等地。然而，各港口检疫站几乎均由外人把持，这种情况一直延续到1932年。
由于各港的检疫权掌握在外国医生及外国领事税务司之手，缺乏统一管理，而且每当有传染病发生，他们往往只求于外人无碍，而对于我国居民则无所计较，再加上各海关由利害关系不一致的领事们组成的指挥部门，疫情消息往往须经过相当长的时间，其他港口才能获得疫情消息。这些获得了消息的港口，负责医官还又得等侯与行政官员和领事达成一致协议。在此期间，传染病已经蔓延开来。这种体制不仅严重地防碍对疫情的控制，也影响到主权国家的声誉，我国医学家曾多次提议收回海口捡疫权，因政局原因而未实现。
1930年，政府财政部长宋子文，海关行政处总监张作霖，海关税务检察官梅兹及各海关官员、各海港地区的领事及商业组织代表共同协议，决定由中国政府独立设置海港检疫机构，由卫生部主持拟订全国《海港检疫条例》，伍连德被任命为新成立的海港检疫处处长。1930年6月28日，卫生部公布了我国第一个全国性的《海港检疫章程》，与此同时还公布了《海港检疫消毒蒸薰及征费规则》和《海港检疫标式旗帜及制服规则》，并通令全国各口岸分别施行。这标志着我国正式收回海港检疫权。
1930年9月，卫生部委派伍连德兼任上海海港疫所所长。1931年相继接收了厦门、牛庄(营口)及安东(丹东)检疫处，1933年接收了天津、塘沽、秦皇岛检疫处，1936年又接收了广州、汕头检疫处。此后，中国陆续从外国人手中收回了各港口的检疫权。
综上所述，至1947年，我国医疗卫生行政的总体框架已基本形成，颁布了一些卫生法规和条例，收回了海港检疫权，全国各类医疗卫生机构达2575个，全国医药卫生人员为30590人。然而，这远远不能满足广大城乡居民防病治病的需要，据不完全统计，国民政府时期，中国人口的死亡率为25‰，婴儿死亡率为200‰，产妇死亡率为15‰。在死亡人数中，41.1%死于可控制的疾病。中国人的平均期望寿命仅为35岁。