国民政府建都南京，取代北洋政府成立南京政府。1929年2月23日至26日，国民政府卫生部在南京召开第一届中央卫生委员会行政会议，会议讨论了余云岫等四人提出的四个废止中医案，合并为“规定旧医登记案原则”，分为甲乙丙三项，其中乙项为“禁止旧医学校”。同年4月29日，国民政府教育部布告第八号，饬令中医学校改称传习所，此项传习所不在学制系统之内，即无庸呈报教育机关立案。
国民政府教卫二部公开压制中医教育，给民国时期的中医办学增添极大的困难。在这重重障碍下，我国中医药界一方面以办学形式进行艰苦的抗争，把兴办教育作为自救的途径；另一方面更加深入地进行医学教育理论与实践的探索，从而丰富充实了近代中医学校教育内容。
医学教育具有很强的实践性，中医教育尤其如是，各地中医院校创办伊始，即把附属医院建设摆到议事日程。
上海广益中医院
1917年上海中医专门学校正式招生开始上课，为扩充培植国医人才，谋求师徒传授改进之计划。校长丁甘仁及其子仲英于1921年创设上海广益医院，地址南市方斜路，其后又创设广益中医北院，丁仲英任南北两院院长，主持院务，督率同人，既赠医施药于贫苦民众，又临症授徒于莘莘学子，实开中医设立医院之先声。（DingZhong Ying significance of open campaign of Candidatesfor deputy to the National Congress. Guanghua Journal ofTCM, 1937,4(9):3.丁仲英：国大代表候选人公开竞选之意义，光华医药杂志，1937，4（9）：3）。
据何时希先生回忆：广益医院以南院为主，有高等病房，收费为日一二元，由程门雪为主任，负责医疗事务，屡挽危症。当时颇著声望，缙绅富豪有病者趋之；二等病房每床来日几角钱，重病亦有主任诊治。另有一奇特的三等病房，多为绅商损款所设，病人系老弱、瘫痿广益强院接受之，则捐款有来源也。
广益医院不仅是中医专门学校临症教学基地，也是上海中医学会会员活动场所。近代名医丁仲英、谢利恒、曹颖甫、徐访儒、秦伯未、余继鸿、程门雪等。经常在此分析疑难病案，主持学术讨论。从1921年至1925年，一共进行26次临床病例讨论。如1924年l2月1日为该院第23次讨论会之期，参加者50余人，余继鸿任评议长主席，秦伯未充当临时记录员，曹颖甫、傅雍言、郭立名等人就喉科白喉一症如何消退喉中白腐问题提出自己学术见解。
（QinBowei Record of 23rd conference Chinese Journal of TCM,1924 (10):2.秦伯未：第23次讨论会纪事，中医杂志，1924，（10）：2）。
1926年，丁甘仁创建的沪南、沪北广益中医院在国内已颇具影响。丁氏办院宗旨一是使在校学生有实习机会，二是嘉惠贫病。丁氏逝世后，后人撰《丁甘仁墓表》记曰：“欧风东渐以来，厌故喜新者，每讥中医蹈于虚，非若西医验诸实，先生雅不以为然，惟中医良莠不能齐，且西医院校遍沪上，中医独寂无所闻，亦未尽整齐鼓舞之方。于是创设中医专门学校、女子中医专门学校以毓才；复建南、北广益医院以施诊，而廷名师肩其任。学医者业既日精进，而慕院校之裨益人民者，闻风相继起。”（HeShixi. Famous Physicians in 3 Generations of Ding'sFamily in Menghe. In Medical Forest over sea. shanghai:Peoples Publishing house,1991:3.何时希：孟河丁氏三代名医,见：上海医林,上海人民出版社，1991：3）。
及至1930年，丁甘仁次子丁仲英，又创办华隆中医院及华隆分院作实习医院，该院开设有病床供患者住院留医用，并且特别强调；“本院聘请医校毕业名师授徒之医师为住院医生，每日诊察一次。（DingJiwan. Advertisement of Hualouq Hospital of TCM. HygieneNewspaper, 1930,2(17): Back cover.丁济万：华隆中医院广告，卫生报，1930，2(17)：封底）。这是目前所见到有关近代中医院校毕业生任病房住院医师查房制度的最早文献记录。
广东中医院
广东中医院筹建于1927年3月，是我国近代史上办院时间最长、规模最大、设备最齐全的中医教学医院，省港药业同人《筹建留医院捐册弁言》曰：“广东中医药专门学校，成立已三年矣。惟学医需求实习，故留医院之设，万不容缓。本校已相定对门第l01号门牌之屋，阔三间过，后门通大德马路，为医院地址。然购地建筑开办之需，非五万金不可。本校当日购地六亩余。建筑费及置图书标本校具，共耗十万金有奇，此时实无余款，故不得不为将伯之呼，此举为培植医材慎重人命而设，而相传四千余年之医学，岁销数万万金之药材，即藉以保全，善莫大焉。尚冀倾囊，不胜盼祈。”(Forewordof the donation record For Establishment of Hospitalwith Ward. Chinese Journal of TCM, 1927,(3):107.筹建留医院捐册弁言，中医杂志，1927，(3)：107)。
从1927年至l933年，省港两地中医界人士及海外粤籍华人纷纷捐款，银元送往广州一德西路位元堂药材号、大平街裕荣银行号，香港文咸东街广丰和药材行，永乐西街联益行等收银处。数年间共集腋银元25万。至1933年9月方才正式建成广东中医院行落成开幕礼。（Newsof Hospitals. Bulletin of Guangdong school TraditionalMedicine and Chinese Pharmaceuticals, 1937,(9):50医院消息，广东中医药专科学校刊，1937，(9)：50）。
广东中医院地址广州市大德路，占地300平方米，楼高三层，内有大小病房20间，病床30多张，另设有各科门诊、药房、治疗室、护理室、煎药室、太平间等，成为当时较有规模的中医医院。住院医师多为该校毕业生，如李仲守、张阶平、林夏泉、罗元恺、司徒铃等，后都成为广东省名老中医。
三十年代，是我国中医办学教育高潮时期，随着教材编写、学科建设、附属医院创办成功，中医院校在数量上较为迅速的发展。据不完全的统计，全国各地兴办的中医院校、讲习所或学社共计有八十多所。该时期中医办学的兴起，其背景与1929年余云岫废止中医案禁止旧医学校设立有关，办学成为中医抗争的手段之一；而更重要的是，教育在整个中医事业所处的重要地位，越来越明显地体现出来。