1952年在我国开展了学习苏联医学、学习巴甫洛夫学说的活动，这对于提高人们的认识，掌握巴甫洛夫学说是有益的。但也有人把巴甫洛夫学说看作辩证唯物主义的化身，主张"树立以巴甫洛夫思想为医学指导思想，开展了对摩尔根、魏尔哨学说的批判，给一些医学学说简单化贴上唯心主义和形而上学的标签，在一定程度上妨碍了医学的发展。

进入六十年代，随着学习毛泽东思想的开展，医学界也掀起了学习《矛盾论》和《实践论》的高潮，从1964年7月到1965年11月，《健康报》展开了“正确的诊断治疗从哪里来”的讨论，这对医务人员自觉运用辩证唯物主义哲学指导医学研究和临床实践，有着重大推动作用，但存在着过分强调实践的经验论倾向，对理论联系实际的原则也存在着简单化的做法。

七十年代末起，医学哲学的研究蓬勃发展起来，1978年12月，《中国自然辩证法研究通信》发表了邱仁宗、傅素和的“关于开展医学哲学问题研究的几点想法”；1979年3月，又发表了《要重视医学辩证法的学习和研究》的座谈纪要，并组织医务人员进行讨论。1979年12月至1980年1月在广州举行了全国的医学辩证法讲习会，1980年8月又在吉林召开了全国部分高等学校医学辩证法讨论会，指出医学辩证法就是“研究医学理论中的哲学问题”。此后，陆续出版了一些医学辩证法的教材和专著，其中以广西桂林医专编写的《谈谈医学中若干辩证法问题》(试用本)，印行得最早。以后，1982年出版了元文玮的《医学辩证法》、李今庸主编的《中医辩证法概论》、1983年出版了刘汝深主编的《中医学辩证法概论》、1984年出版了孙溥泉的《临床医学中的辩证法》、1985年出版了彭瑞聪主编的《医学辩证法》、1986年出版了陆干甫、谢永新主编的《中医辩证法原理》等。这一时期任曰宏也出版了两本有关医学哲学的著作、1980年出版的《漫谈医学与哲学》。这一时期还陆续出版了有关医学方法论的著作，主要有：《医学科学研究入门》(侯灿，1981年)、《祖国医学方法论》(1982年)、《中医方法论研究》(祝世讷，1985年)、《医学科学方法论概论》(王玉辛，1986年)、《临床思维及例证》(彭瑞聪主编，1988年)、《医学方法概论》(1990年)。在《医学与哲学》、《中国社会医学》、《中国医院管理》、《中西医结合》、《健康报》等报刊杂志上也发表有大量有关文章，如张孝谦的《临床医生要研究思想方法的修养》(1982年)、《漫谈临床思维》(1984年)，吴阶平的《谈谈临床思维的特点和规律》(1984年)等。

《医学与哲学》创刊于1980年，开始为季刊，1982年后改为月刊，到1994年12月，出版了162期，刊登论文3400余篇，对医学哲学问题作了多方面的探讨，如杨理邦的“从单克隆抗体技术看科研设计的特征”(1991年)、张文的“受体学说发展引起的哲学思考”(1988年)、沈杰的“从内分泌系统发展看事物的普遍联系与无限发展”(1989年)等。又如姜兆候从医学影像学研究临床医学的形象特征，写了一系列很有特色的文章。《医学与哲学》还发表了大量探讨临床思维和研究误诊原因的论文，都富有启迪性。

中医学是带有自然哲学性质的医学体系，从医学与哲学的关系研究中医理论与实践的演化规律，始终是医学哲学研究的重点之一。1956年《历史研究》发表了任继愈的“中国古代医学与哲学”，比较系统地阐述了这个问题，《内经的哲学和中医学的方法》(刘长林，1983年)，则是一本有关这一问题研究的专著，产生了较大的影响。五十～七十年代，曾就五行学说的评价，展开了激烈的争论，多次论及它的存废问题。李今庸在《读医心得》(1982年)中说，五行学说只适用于一定场合，对它的作用稍一夸大，“就要陷入唯心主义”。艾钢阳主编的《医学论》(1986年)则认为这一学说“天才地反映了处于自然和社会环境中的人体的一般运动变化规律”。邓平修、常青主编的《医学方法概论》认为五行学说存在机械论的倾向，此类取象是一种表浅的方法。关于中医的理论概念的研究目前正与中西医比较研究结合起来，逐步向深化。