在自身免疫性疾病的诊断中，目前常常用免疫细胞化学技术检查相应的自身抗体作为重要诊断依据之一，并以此探讨自身免疫性疾病发生的免疫机理。

用免疫荧光法可以检查的自身抗体日益增多，具有器官特异性的自身抗体如甲状腺球蛋白抗体和甲状腺微粒体抗体，甲状腺第二胶质抗体，肾上腺抗体，胃壁细胞抗体，皮肤表皮间粘合质（Intercellular Cement of epidermis）抗体和基底细胞层抗体，唾液腺导管细胞抗体，胰岛细胞抗体，肾小球基底膜抗体，结肠粘膜上皮多糖物质抗体，精子抗体，卵巢抗体，胃G细胞抗体等。

用免疫荧光法可以检查出的非器官特异性自身抗体，有抗核抗体，平滑肌抗体，线粒体抗体、横纹肌抗体、神经髓鞘（外周）抗体、抗网状纤维抗体等。

还有报告用免疫荧光法检查血细胞自身抗体如抗白细胞（淋巴细胞）、红细胞，血小板抗体等。