免疫细胞化学在细菌学中主要用于菌种鉴定和抗原结构的研究。细胞都各自有其特异性抗原，应用特异性抗体的荧光素或酶标记物，可以鉴定任何一种细菌。已经成功地用于鉴定几乎所有致病菌的纯培养。尤其是应用免疫荧光技术具有较其他血清学方法简便、快速和敏感等优点，并能直接进行细菌形态观察。可用于鉴定的材料也比较多样，如培养物、感染组织、病人分泌排泄物，外环境中采集材料（土壤、水、杂物等）。由于此法对某些传染病原能较常规方法作出更快速的诊断，因而具有特殊意义。
免疫细胞化学方法用于研究细菌抗原结构和形态学观察，由于单克隆抗体的应用，比其他方法更为有效。
图16-1 免疫荧光在病原细菌诊断程序中的应用时机
从患者咽部粘膜用棉拭子取标本，作涂片用甲组溶血性链球菌荧光抗体染色，能够很快作出诊断。对于痢疾杆菌、霍乱孤菌、布氏杆菌、炭疽杆菌和脑膜炎双球菌、肺炎双球菌等的实验诊断均有较好的效果（如表16-1）。
利用间接免疫荧光或酶标记抗体法，检测患者血清中的抗体更有价值，广泛用于临床诊断和流行病学研究。
表16-1 免疫荧光细胞化学方法在细菌诊断中的应用评价
| 菌种 | 疾病 | 标本 | 方法 | 敏感性 | 特异性 | 意义 |
| 甲组链球菌 | 急性咽峡炎 猩红热 |
咽部培养物 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| 急性风湿热 | ||||||
| 乙组链球菌 | 新生儿败血症 | 阴道拭子 | DIF | 高 | 中 | 快速 |
| 脑膜炎 | 临床标本 | 鉴定 | ||||
| 牛型乳腺炎 | 培养物 | |||||
| 致病性大肠杆菌 | 婴儿腹泻 | 大便 | DIF | 高 | 中 | 过筛 |
| 杆菌 | ||||||
| 伤寒沙门氏菌 | 肠伤寒 | 大便 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| 沙门氏菌 | 肠炎 | 大便 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| （大多数血清型） | 肠热脑膜炎 | 食品 | 过筛 | |||
| 环境标本 | ||||||
| 培养物 | ||||||
| 志贺氏菌属 | ||||||
| 宋内氏菌 | 菌痢 | 大便 | DIF | 高 | 高 | 快诊 |
| 福氏菌 | 菌痢 | 大便 | DIF | 高 | 高 | 快诊 |
| 百日咳杆菌 | 百日咳 | 鼻咽涂片 | DIF | 高 | 高 | 快诊 |
| 流感嗜血杆菌 | 细菌性脑膜炎 | 脑脊髓 | DIF | 高 | 高 | 快诊 |
| 肺炎球菌 | 细菌性脑膜炎 | 脑脊髓 | DIF | 高 | 高 | 快诊 |
| 脑膜炎球菌 | 细菌性脑膜炎 | 脑脊髓 | DIF | 高 | 高 | 快诊 |
| 出血点 | （差） | |||||
| 军团菌病 | 小叶肺炎 | 痰，肺渗出物 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| 肺组织切片 | IIF | 快诊 | ||||
| 李氏菌 | 李氏单核细胞 | 体液涂片 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| 增多症 | 组织切片 | |||||
| 布氏杆菌 | 布氏症 | 胎盘 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| （牛、羊、猪型） | （人、畜） | 病理组织培养物 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| 结核杆菌 | 结核病 | 痰及其消化液 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| 胎儿孤菌 | 孤菌病 | 子宫阴道粘液 | DIF | 高 | 中 | 诊断 |
| 类丹毒菌 | 动物感染 | 血液、组织、培养物 | DIF | 较高 | 高 | 诊断 |
| 放线菌 | 放线菌病 | 扁桃腺病理排泄物 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| 钩端螺旋体 | 钩体病 | 尿沉渣，新鲜组织刮片或切片培养物 | DIF | 中 | 高 | 诊断 |
| 奈瑟氏淋球菌 | 淋病 | 结膜、皮肤破损，关节 液 | DIF | 较高 | 中 | 过筛 |
| 绿脓杆菌 | 肺炎 | 病理组织 | DIF | 较高 | 中 | 诊断 |
| 类鼻疽杆菌 | 类鼻疽 | 排泄物 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
| 病理组织 | DIF | 中 | 高 | 诊断 | ||
| 马疽杆菌 | 鼻疽 | 排泄物 | DIF | 高 | 高 | 早诊 |
| 病理组织 | ||||||
| 脆弱类杆菌 | 败血症 | 血及其他有关临床标本 | DIF | 高 | 较高 | 诊断 |
| 黑色素源标菌 | 牙周病物 | 病变部位分泌物 | DIF | 高 | 高 | 辅诊 |
| 脏器脓肿 | ||||||
| 梭状芽胞杆 | 肉毒中毒 | 食物 | DIF | |||
| 菌属 | 动物黑腿病 | |||||
| 变部组织 | ||||||
| 羊炭疽 | 大便等 | DIF | 高 | 较高 | 辅诊或诊断 | |
| 气性坏疽 | ||||||
| 破伤风 | ||||||
| 结肠炎等 | ||||||
| 沙眼衣原体 | 沙眼 | 结膜刮片 | DIF | 高 | 高 | 诊断 |
（引自，黄策：免疫荧光和荧光免疫。1983）