临床主要用于治疗偏头痛、发作性眩晕、癫痫、脑卒中、颈椎病等病症。
1.偏头痛：通窍活血汤治疗偏头痛患者治疗组65例，对照组65例采用盐酸氟桂嗪治疗，2周为1个疗程。以临床表现为疗效评价指标。结果：治疗组有效率为90.77%，两组差异有统计学意义。(《湖南中医杂志》2012年第5期)
2.发作性眩晕：本方加味治疗反复发作性眩晕患者治疗组62例，疗程6周。以临床表现为疗效评价指标。结果：痊愈31例，显效23例，无效8例，总有效率87.1%。(《陕西中医》2007年第6期)
3.癫痫：通窍活血汤治疗脑外伤后癫痫患者72例，并与常规西药治疗54例对照，以临床表现为疗效评价指标。结果：治疗组总有效率91.7%，两组差异有统计学意义。(《中国中医药信息杂志》2007年第8期)
4.脑卒中：本方治疗缺血性脑卒中患者30例，与西药(口服肠溶阿司匹林、维生素E，静脉滴血塞通)治疗30例随机对照，疗程1个月。以临床表现为疗效评价指标。结果：治疗组总有效率为83.9%，两组差异有统计学意义。(《成都中医药大学学报》2009年第3期)
5.颈椎病：通窍活血汤治疗颈椎病患者50例，与推拿按摩、针刺结合牵引器牵引治疗50例对照，疗程10日，以临床表现为疗效评价指标。结果：治疗组总有效率为94.0%，两组差异有统计学意义。(《湖南中医杂志》2011年第2期)
