用分子克隆技术将病原体相应抗原基因克隆、表达、纯化后用作疫苗。目前此方面应用较多的是病毒的疫苗，如乙肝的基因工程疫苗已取得满意的结果。细菌方面，结核的基因工程疫苗在研制中。