为疏松结缔组织，含较多血管和淋巴管。十二指肠的粘膜下层内有十二指肠腺（duodenal gland），为复管泡状的粘液腺，其导管穿过粘膜肌开口于小肠腺底部（图12－14）。此腺分泌碱性粘液（pH8.2～9.3），可保护十二指肠粘膜免受酸性胃液的侵蚀。最近研究表明，人十二指肠腺尚分泌尿抑胃素（urogasterone），释入肠腔，具有抑制胃酸分泌和刺激小肠上皮细胞增殖的作用。