MHC最初是在研究排斥反应的过程中发现的。MHC分子作为代表个体特异性的主要组织抗原，在排斥反应中起重要作用。自从60年代发现了Ir基因，70年代发现了细胞毒性T细胞与靶细胞间相互作用的MHC限制性后，对MHC的生物学作用有了更深入的认识。MHC的主要功能包括：