MHC分子在多个环节参与对抗原处理。外源性抗原在APC内被降解成免疫原性多肽，并与MHC-Ⅱ类分子结合成稳定的复合物，从而保证了多肽不被进一步降解为氨基酸。80年代末还发现，内源性抗原在靶细胞中须与胞浆中的一种蛋白酶体（proteasome）结合才能进一步分解为免疫原性多肽片段，后者再在一种肽链转运蛋白的参与下被转运到内质网腔与新合成的MHC-Ⅰ分子结合。已证明蛋白酶体相关基因及肽链转运基因均位于MHC-Ⅱ类基因区内。