病因病机学说是关于人体疾病产生的原因和疾病发生、变化机理的学说。中医学的病因病机学说在春秋时已露端倪，而到战国时则形成较为系统的理论。

1、病因学说

据《左传·昭公元年》记载，春秋时秦国著名医生医和为晋侯治病提出：阴、阳、风、雨、晦、明等六种天气现象的太过会导致人体发生疾病。医和的“六气”病因论开创了中医外感病因学说的先河，是后世“六淫”病因论之滥觞。

《五十二病方》中有一些关于病因的记载。例如，该书认为外伤所引起的“痉”证是由于“风入伤”（马王堆汉墓帛书整理小组《五十二病方》，36、40页，文物出版社，1979年）引起的；“婴儿索痉”是因“产时居湿地久”（马王堆汉墓帛书整理小组《五十二病方》，36、40页，文物出版社，1979年）即感染湿邪所致。此外，《五十二病方》所提到的病因尚有犬或狂犬咬伤、毒蛇和其它毒虫咬伤、植物中毒、寄生虫等等。

到战国时期，人们对病因认识更为拓宽和加深，已从天气现象、个人生活环境、饮食劳作、生活习惯、精神情志、社会环境等多角度探索病因，由此形成了更为科学的病因学说。这种病因学说在战国诸子著作中也多有涉及。例如《韩非子·杨权》云：“夫香美脆味，厚酒肥肉，甘口而疾形” 。（《韩非子》卷二，1123页，《二十二子》本）。

《内经》对病因有更全面更深入的论述。《灵枢·顺气一日分为四时》云：“夫百病之所生者，必起于燥湿，寒暑、风雨、阴阳、喜怒、饮食、居处。”（《灵枢经》卷七，71页，商务印书馆。）。概括了《内经》病因的主要内容，也就是说，《内经》所论述的病因内容主要有天气因素（风、寒、暑、湿、燥、火）、情志因素（怒、喜、忧、思、悲、恐、惊）和饮食起居（饮食、劳逸、房事、起居等）三大方面，对于各种病因的致病特点，《内经》都作了不同程度的论述。

2、病机理论

病机理论的出现可以上溯到春秋时期。《史记·扁鹊仓公列传》所载虢中庶子及扁鹊关于虢太子之病病机的论述，涉及到正邪斗争及脏腑经络气血阴阳的失调。表明对病机的认识已上升到理论高度，病机学说已具雏型。《史记》同一篇还记载有扁鹊论齐恒侯之病每隔五日依次“在腠理”、“在血脉”、“在肠胃”、“在骨髓”。这是最早的疾病传变论述。

到战国时期，形成了比较丰富而系统的关于疾病发生、病理变化及其传变过程的病机学说。这一学说在《内经》中有集中的论述。关于疾病的发生，《内经》认识到是体虚与外邪共同作用的结果，邪气单方面并不一定致病，所谓“风雨寒热不得虚，邪不能独伤人”（《灵枢经·百病始生》卷十）；“邪之所凑，其气必虚”（《黄帝内经素问·评热病论》卷九。《内经》还认识到，疾病的发生与人的体质有关，不同体质类型的人，其所易患疾病是不一样的，例如，《灵枢·阴阳二十五人》还将人的体质按五行分为五大类二十五小类，并指出了各种类型的人所易患之病及其发病时间。

生活环境与人的体质及其疾病之间的联系在战国时也已被注意到。《素问·异法方宜论》对东、南、西、北、中五方的地理环境及其人们的饮食生活习性与各方人们的体质及其易生之病之间的关系进行了具体的分析和论述。

《内经》还注意到了社会因素与发病的关系。

重视疾病的发生与四时更替、月相盈亏等天时的关系，认为人与天地相应，不仅人之生理机能随天时而变化，而且疾病的发生和变化也受其影响。

关于人体在病邪作用下发病后的病机，《内经》也作了大量的论述，构成这一时期病机认识的主体内容。《内经》对病机的认识不仅涉及人体疾病的一般病理，而且还深入到许多疾病或病证的具体发病机制。关于人体疾病的一般病理，《内经》详明地论述了人体脏腑、经络、气血的各种病变形式及外在症候表现，如五脏六腑的虚实寒热、气机失调、经络气血凝滞、厥逆、十二经是动病和所生病，气血不足、气血逆乱、气滞血菀等等。关于各种疾病或病证的具体病机，《内经》深入地分析和描述了痹、厥、疟、风、伤寒、温病、两感、肾风、风水、酒风、消瘅、鼓胀、肠蕈、石瘕、血枯、肠蕈、伏梁、息积、痈疽、瘰疬、阴阳交等数十种内外科疾病和病证，这标志着中医对疾病的认识逐渐理论化和系统化。