鸦片战争以前清代医学教育，设教习培养医官人才，分为内教习与外教习两种，各置教习2人，由御医、吏目中选品学兼优者充任。内教习住在东御药房，担任教授药房的太监学习医书。外教习担任教授初进太医院教习厅肄业生及医官子弟学习医学。凡到院学习者，通常要经六品以上同乡官员推荐，满人要经该管佐领推荐，并由本院医官作保，由首领官而试，粗知医理，且通晓北京话，合格者方可入学，称之为医生。入院学习后，称为肄业生。

医学分科曾3次改制，顺治间分为大方脉科、小方脉科、痘疹科、伤寒科、妇人科、疮疡科、针灸科、眼科、口齿科、咽喉科、正骨科等11科。嘉庆二年(1797)痘疹科并入小方脉科，口齿咽喉合为一科成为9科。嘉庆六年(1802)奉旨以正骨科划归上驷院蒙古医生兼充，成为8科。道光二年(1822)奉旨以针灸之法究非奉君之宜，太医院针灸一科永久停止，成为7科。同治五年(1866)改为大方脉科(伤寒科、妇人科并入)、小方脉科、外科(即疮疡科)、眼科、口齿咽喉科等5科。教学内容主要是《内经》、《本草纲目》、《伤寒论》、《金匮要略》，以及有关本专科的医书，后来又增习《医宗金鉴》，并渐以之为主要教科书。一般肄业生学习3年期满，由礼部堂官来主持考试，合格者标为医士，不合格者继续肄业，以待再考。凡肄业一年以上，经季考3次，名列一等者，遇粮生有缺，可呈报礼部递补，不再考试。

清代在地方虽也开办医学，并规定了考试制度，但规模小。府设正科，州设典科，县设训科，名额各为一人，俱未入流。雍正元年(1723)题准，命各省巡抚，详加考试所属医生，对精通《内经注释》、《本草纲目》、《伤寒论》者，题请作为医学官教习，每省一人，准其食俸三年，此间，如果工作曲奋慎重，品德正派，即上调太医院，授为御医，其遗缺，由本省习医人内拣送补授。

有清一代的医学教育，虽然大体上沿袭宋明以来的制度，但趋向衰弱，不复历代兴盛，具有悠久传统的民间家传与师徒相授成为主要教授医学形式，造就出不少医学名家。

医德教育为中国历代医家重视，至清尤然。在他们的医著中，几乎都要论述做为一名医生必须具有的道德修养，教育后人，医德规范大体可以归纳为；(一)不图名利；(二)急病人所急；(三)贫富一视同仁；(四)珍重人的生命；(五)谦虚谨慎，互相学习。