张从正的主要医学思想，首先主张“邪气”说，理由是：“夫病之一物，非人身素有之也，或自外而入，或由内而生，皆邪气也。邪气加诸身，速攻之可也，揽而留之何也?关于病邪，张从正认为邪可自外而入，也可由内而生。病邪轻者可以自行消失，病邪时间经久则很难抑制，甚至可招致暴死。如果有了病邪不想消除，反而先去设想巩固人体元气，如此很容易使人体真气未得到恢复时，病邪却有了发展。治疗疾病当以制止病邪发展和驱除病邪为首务，所谓“邪去而元气自复”。这是张从正认识疾病和治疗疾病的主要主张。

其次，倡汗、吐、下三法。张从正认为邪有上、中、下之别，所以治疗上也应采取针对性措施：认为凡上之邪，可以用汗法治疗；在中之邪，凡风痰宿食可用涌吐方法治疗；而在下之邪，可用泻下方法治疗，张从正所谓汗法，包括灸、蒸、熏、涤（洗涤局部)、洗、熨、烙、针刺、砭射(砭石)、导引、按摩诸法，用以达到解表发汗解除病痛之目的。吐法，包括引涎(以翎毛探喉，引涎自出)、流涎(以指探喉，使涎渗出不断)、嚏气、追泪，用以解除中膈痰食之积。所谓下法，不仅是通下，催生、下乳、磨积(消除积滞)、逐水、破经(通经)、泄气等均属之。

由上可见，张从正治疗重在三法，以攻邪为主。但他又申明在三法用药之时，每每伴随揃(包括熨、摩)；导(导引)、按(手按)、蹻(医者或病患者抬举足腿)之法以辅助治疗。在用药方面，也要根据年龄老、少、病之轻重，有增、有减，有续、有止，按证施用。

再次，张从正主张食补。他认为补法有六种，即平补、峻补、温补、寒补、筋力之补、房室之补，凡应用补法必须谨慎。他主张“医之道、损有余、乃所以补其不足也。”这在一定意义上说，攻邪除病，也就同时扶正，具有“补”的意义了，张氏还认为真正用补法，要在邪去之后，“莫若以五谷养之，五果助之，五畜益之，五菜充之。也就是说，人体疾病之后，最有益的补药，就是平日的食品，肉、菜、谷、果，按五脏相宜用之就可以了，而不必去用药物。

由于张从正倡汗、吐、下三法，治疗比较峻猛，与太医院一贯用药和缓不符，故在当时即受到许多人的非议。

作为金代著名医家，张从正医学思想宗法刘完素，但是在治疗用药方面有自己的见解和发挥，他的治疗以“攻邪”为主。应用汗、吐、下三法，以及对补法的认识，应该说与他当时处于北地，人民体质强悍，疾病多属热实有关，所以才有促进张氏医学思想的发挥。后世人说他是“攻邪”(或“攻下”)派，“金元四家”之一。