隋代派员多次至台“求访异俗”，如其“药同于江表”，并详记台民“妇人产乳，必食子衣，产后以火自灸(炙)，令汗出，五日便平复”风俗习惯。此俗收入《隋书》、《杜祐通典》等，并由唐·陈藏器正式收入《本草拾遗》，此后多为历代本草学者所肯定，从而得到广泛流传与发展。

唐宋时期，有关医药交流疏于文献记载，但官府的、民间的以及酋豪尝串众至福建沿海互市或杀掠者时时有之。继元之后，往来者日众。公元1372年，明太祖命杨裁以即位建元诏告台之中山王，中山王派遣弟泰期等随杨载入朝贡方物，明太祖喜赐大统历等。从此，中山王多次遣弟向明朝贡物，除马匹外，多有硫黄、各种药材等，逐渐扩大到南山王与北山王，均与明朝建立了密切的关系，并各贡方物、药材等，文化交流日益密切。其间除官府之药物交流外，1390年还曾发生翻译屋之结等人私带乳香十斤、胡椒二百斤被查获之事，部门官要求“当入官”，明太组则“诏还之”，而且“赐屋之结等六十人钞各十锭”。可见明朝当局对与台交往之重视。

永乐间(1403～1424)，大陆去台之百工技艺日新增多。其中自然包括医师、药工人员在内。黄叔璥《台海使槎搓录》记述此期“百工技艺，有挟一拉以往者，虽徒手无不得食，民争趣之，永乐间，先后招来”。可见大陆技术人员曾相继往台以谋生计与出路。民间商贸也日渐频繁，而且远航山东、关东者。例如：“海船多漳、泉商贾，……至山东贩卖(台湾之)粗细碗碟、杉、糖、纸、胡椒、苏木，回日则载白蜡、紫草、药材……，至关东贩卖乌茶、黄茶……回日则载药材……”等等。由此可见，两岸之药材已互通有无了。

郑和出使西域，随从费信，曾撰《星槎胜览》(1436)，他们所记述之台湾“酿甘蔗为酒。煮海为盐，能习读中国书，好古画、铜器，作诗效唐体”。这是由于明代台湾之陪臣子弟与凡民之俊秀者，已习读中国书以备他日长史、通事之用。同时也说明台湾知识界、官方与大陆几无差异，公元1591年，台湾礼官以日本方侵噬邻境，台湾不可无王(尚永王卒)，乞令世子速请袭封，于1595年尚宁请袭得皇上仁覆封王。郑和船队在台期间，还将姜移栽夙山(今高维)，故有“夙山县有姜，名三保姜，相传明初三保太监所植，可疗百病“之说，林谦光《台湾纪略》记述台湾当时居民“疾病不足医，辄浴于河，言大士置药水中，济度诸番，云冬月亦入水澡浴以为快”。有传大士为郑和者。

陈侃，嘉靖进士，奉旨使台，由于台海风浪，随从溺死者数而未果。嘉靖十一年（1532），封尚清为中山王，特遣正使科左给中陈侃，陈侃居台多时，回来后于1534年撰《使琉球录》，载乘之船长15丈，阔2.6丈，深1.3丈，分为23舱。其驾舟民140余人。护送军百余人，翻译、礼仪、医生及各色匠役百余人，可见阵势之壮观，医生人等之多，必对台有较大影响。接待也以“洪武礼制……数代相承，不敢违制”。

清代与台地之文化交流，更加广泛。特别在18世纪前后之百余年间，礼尚往来、贡物遣使者年年不断，台湾已成为福建省的一个府。顺治年间，张学礼曾使台湾，在其《使琉球纪》中说：“补差天文生李光宏、太医吴燕时，聘请从客陈翼等”、“船上下三层，阔2.2丈、长18丈……兵丁250余名，长随50余名”，比之明代之乘船更加安全，人员中已不是一般医生，而是太医，可见人员索质已有明显提高。在药材等交流方面更强调实际需要，康熙五年(1666)，对并非台湾之土产者免其进贡。康熙二十五年(1686)，台地向中央贡物中有：丁香30担，冰片32斤，甜肉豆蔻四瓮。镶金小箱内，装有丁香油、蔷薇油、桂花油备一罐，知其香料药物之档次也进一步提高了。台地之医疗技术，如“台地村舍后每广植(蕉)之”指出“性寒，妇人产后，每以蕉果少许，置儿口中，谓能清热”，“用火炙椰，其油自出，疗齿痛冻疮极放”，也相继为大陆学者所沿用。如《本草纲目拾遗)引《台湾使槎录》资料等，以“椰油”入药。又该书列香蕉为药。称《本草纲目》“于香蕉独未明晰，今依《粤志》补之”。虽然赵氏叙述香蕉条源于《粤志》，但所述内容与台地相似，亦可说明其源渊关系是密切的。