疼痛：疼痛的部位、性质、程度，因结石所在位置、大小、形状、表面光滑度，移动情况不同而不同。固定在肾盂、肾盏的结石可以长期不引起临床症状，或只有轻微的腰酸胀痛。较大的结石对肾盂、肾盏形成压迫。或导致积液，可引起肋脊角和/或上腹的钝痛和胀痛。积液较多引起的疼痛，往往绵绵不休，痛处固定。结石在肾盂或输尿管移动时，会产生绞痛或刀割样痛，并可向同侧下腹和阴部放射，也可并有尿频、尿痛。剧烈的疼痛会引起面色苍白、血压下降、出汗、脉沉细等。膀胱结石的疼痛在下腹，并可向尿道放射和出现尿痛、尿频、排尿突然剧痛、排尿中断。因体位移动而又继续排尿，疼痛的性质可以是胀痛或绞痛。大的膀胱结石可有持续性的下腹胀坠痛。尿道结石疼痛的部位在阴部，呈刀割样，如能排出，即突然缓解。

血尿：常和疼痛同时发生，亦可单独存在，可为肉眼血尿，亦可只有镜下血尿，常在结石移动时出现。

尿闭：结石梗阻双侧或孤立的肾盂、梗阻双侧或孤立的输尿管，梗阻于膀胱出口或尿道，可出现尿闭。由于梗阻的结石移动或输尿管的痉挛造成小便断续现象，中医学称为“淋沥不宣”。