一般认为，反复发作的上腹疼痛不适是儿童Hp感染的主要症状，且经治疗清除Hp后大多数患儿症状消失；但当73%的患儿Hp相关胃炎复发时，仅13%的患儿出现症状。这说明，感染了Hp的患儿在临床上常无症状，治疗的安慰剂效应起了作用。因此，儿童Hp感染的诊断，似比成人更需要依赖实验室检查。胃粘膜活检组织细菌培养是验证其它Hp诊断性检测的金标准，但因患儿难于接受内镜活检，且费时多，耗资大，不适宜临床应用。组织切片革兰染色、苏木精一伊红染色、改良姬姆萨染色均可部分地满足诊断需要，但其特异性和敏感性均逊于银染色法。而银染法繁琐、费时，不能常规使用。活检标本的快速尿素酶试验是临床上应用最广、最为便捷的成人Hp感染的诊断手段，但在儿童的敏感性低于成人，可能与活检组织内细菌数量较少有关。

尿素呼吸试验属非侵入性检查，¹³C尿素呼吸试验无放射性，结果准确，是诊断小儿Hp感染和鉴定治疗效果的良好方法。其缺点是费用大，难以广泛应用。以¹⁴C代替¹³C标记尿素可以大大降低费用，但因¹⁴C有放射性，应用于儿童尚有顾虑。在儿童用ELISA法检测血清HpIgG抗体，其特异性达99%，敏感性达96%，适于在儿童推广。值得注意的是，用ELISA法检测儿童Hp感染时，必须使儿童血清标准化，即以OD值超过正常儿童2个标准差为Hp感染的阳性标准，不宜使用成人血清标准对儿童检测结果进行评价。因为成人血清内抗体水平较高，很多Hp感染患儿有可能被漏诊。这一方法的局限是，不能确定现症感染，用于观察药物疗效时也不如其它方法反映及时。另外，小儿血清中HpIGA和HpIGM抗体含量较成人低，用于诊断小儿Hp感染敏感性差。