诊断Hp感染的方法很多，包括快速尿素酶试验、Warthin-Starry银染以及细菌培养，这些方法的共同缺点是不能达到足够的敏感性以确定治疗后细菌是否被彻底根除，也不能确定Hp感染的来源和传播途径。¹³C和¹⁴C呼吸试验方法虽然可靠，但费用较高。血清抗体的检测则不能确定是否有新近感染，也不以评价治疗的效果。而近年来发展起来的分子生物学技术简单、快速、可靠，不仅对Hp的诊断具有高度敏感性和特异性，而且还可以用于对Hp的分型。

最早的研究方法是用限制性核酸内切酶直接消化培养，鉴定后的Hp染色体DNA，经过琼脂糖电脉按大小分离所得的片段，来比较各株细菌的基因组DNA酶切图型。Langenberg等报道了用HindⅢ限制性内切酶分析Hp的全基因差异。Wetherall等用斑点杂交法评价了同位素与非同位素标记Hp全基因探针的实用性。Mortomi等通过DNA-RNA杂交方法，用人工合成的Hp特异性寡核苷酸探针，同16SrRNA序列互补，证实这种探针比较敏感，可以检出少至5000个～10000个Hp。

近年来聚合酶链反应（polymerasechain reaction，PCR）技术已经用于Hp的诊断，该技术的敏感性比寡核苷酸探针增加了100倍，可以检出少至100个Hp。目前Hp的尿素酶基因和16SrRNA基因的部分序列已经测出，为PCR特异性引物的选择提供了依据。我们以一对与16SrRNA基因互补的寡核苷酸为引物（CP₁/CP₂），建立了从胃粘膜活组织标本中检测Hp感染的PCR技术。用该方法检测Hp标准菌株NCTc 11637，NCTC11848及50株从临床病人胃粘膜活组织中分离的Hp菌株均产生450bp的片段，其敏感性为0.1pg的HpDNA，相当于100个细菌细胞，而对12株非Hp菌株（包括金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、肺炎双球菌、大肠杆菌、绿脓杆菌、变形杆菌、痢疾杆菌及空肠弯曲菌NCTC11351）以及无Hp感染的人胃粘膜细胞呈阴性反应。我们还用PCR检测了96例因上消化道症状而行胃镜检查的患者，结果表明PCR检查的Hp阳性率高于常规检查法。我们还对17例经不同方案治疗后用常规方法检查（尿素酶试验、银染、及培养均阴性）而被认为Hp被根除的病人，用PCR检查发现4例Hp阳性。以往我们对一些常规方法未能检出而实际上还存在Hp的病人，误认为Hp被根除而放弃治疗，这些病人短期内Hp再现实际上是治疗不彻底，这对于指导Hp感染的治疗有十分重要的临床意义。

PCR还可以从石蜡包埋的胃粘膜组织中检测Hp，因此可以对胃及十二指肠患者进行回顾性研究。PCR的另一个优点是可以成功地检出人胃粘膜以外的用常规方法不能检测的Hp，包括胃液、唾液、牙菌斑及粪便中的Hp。用巢式引物（nested primer）双扩增(reamplification)或同时在引物扩增序列内部选择一寡核苷酸作探针，对PCR扩增产物进行southernblt检测，则可使敏感性增加10倍～100倍，可检出难以培养的球形Hp。