为了确认无菌动物的无菌状态，及时发现污染，必须定其进行检查。检查材料以粪便为主，也可检查饲料、饮水和铺垫物等，或用消毒棉花擦拭隔离器内面或对动物饮食器皿表面进行培养。培养基可用牛肉浸液、硫乙醇酸盐培养基、血液琼脂、马铃薯琼脂或沙保弱氏琼脂等，分别在20℃、37℃、55℃作好气和厌气性培养。同时还要进行呼吸道支原体的检查和各种寄生虫检查，对于病毒，不可能一一进行分离培养，一般是通过临床观察、细胞培养或病理组织学检查作判定。