载脂蛋白E是一种富含精氨酸的碱性蛋白，人ApoE299个氨基酸残基组成，分子量为34145D，含32个Arg和12个Lys存在于血浆的CM、VLDL及其残粒和β-VLDL中均含有ApoE，一部分ApoE在血液中与ApoAⅡ形成复合体。

Shore于1973年首先发现ApoE，Rall等于1982年测出ApoE的蛋白质一级结构，其后Taylor建立ApoE的cDNA序列，Breslow 和Zannis首先测出ApoE有3个等位基因异构体以及基因在染色体上的定位。据推算和测定，在介质中ApoE有62%的α-螺旋，9%的β-片层，11%的β-转角和18%无规则线团。ApoE分子可以被凝血酶水解为二个区域，N-端区（1～191）为22kD的可溶性球蛋白，此区域较稳定，该片段的136～158位肽段为受体结合位点，富含碱性氨基酸（赖氨酸和精氨酸），也属于肝素结合区。此片段为一个反平行的四螺旋束，是α-螺旋蛋白的一般折叠方式。C端区（216～299）分子量为10kD，螺旋程度很高，不稳定，是与脂蛋白的结合区。用截去了末端的变异体及合成多肽片段进行ApoE羧基末端的检测表明，191残基以外羧基端存在三个螺旋，其中两个为A型（203～223和225～266），第三个（268～289）为一种G型螺旋。与脂类或不同的脂质微粒或二甲基磷脂酰胆碱结合的结果说明，G螺旋和第二螺旋的末端在脂质连结，在ApoE的四聚体化过程中起重要的作用。更精确地说是263～286片段可能在脂连结ApoE与VLDL的结合中起有关键作用。ApoE主要由肝脏合成，近年来发现脑，肾，骨骼，肾上腺及巨噬细胞也能合成。ApoE其结构如图3-2所示。

图3-2 载脂蛋白E结构示意图