以ApoB基因第26个外显子MspⅠ RFLP为例,具体介绍检测的方法和步骤,笔者对湖北地区健康成人(120例)进行了检测。
(一)材料
引物(如前所述),TaqDNA聚合酶、dNTP、限制性内切酶MspⅠ、高速离心机、基因扩增仪、恒温水浴箱、电泳系统、紫外监测仪。
(二)方法
1.模板DNA的提取
可采用改良的TritonX-100法提取人白细胞DNA,此法结果稳定,但操作较繁琐,在此采用改进的Na裂解法提取人白细胞DNA,简便、快速、灵敏、经济,步骤如下:
取EDTANa2抗凝血100μl,15000r/min离心5min,弃上层血浆,加无菌双蒸水200μl,摇匀20s,加6mNaI200μl,摇匀20s,再加入氯仿/异戊醇(24/1)400μl,摇匀后15000r/min离心12min,小心吸取上层水相,移入另一离心管,加0.6倍体积的异丙醇,混匀后4℃放置15min,15000r/min离心12min,弃异丙醇,加入70%乙醇洗涤2~3次,室温干燥,加入5μlTE缓冲液(pH=8.0)溶解DNA12~24h,4℃备用。
2.模板DNA的扩增
采用聚合酶链反应(PCR)。反应总体积50μl,MgCl2终浓度为1.5mmol/L的1×Buffer,dNTp 0.2mmol/l,引物各20pmol,模板DNA约1.0μg,混匀,短暂离心,95℃预变性10min,加入Taq酶1.5U,液体石蜡50μl,短暂离心,按94℃ 45sec,60℃ 45sec,72℃1mim 15s循环30次,72℃延伸5min,置4℃贮存。
3.扩增产物的提纯及酶切
取扩增产物20μl,加入醋酸铵至2.5mol/L,与无水乙醇混匀,4℃沉淀15min,12000r/min离心10min,弃上清,70%乙醇漂洗两次,室温干燥后加入含Mspi 10U的缓冲液37℃保温2h,加入EDTA至10mmol/L终止反应。
4.扩增及酶切产物的检测
(1)琼脂糖电泳:制备2%琼脂糖(含0.5μg/ml EB),将扩增产物与标准DNA(PGEM3zf(+)/HaeⅢ)点样,电压4v/cm,电泳,紫外灯下观察。
(2)聚丙烯酰胺凝胶电泳:将扩增及酶切产物加样于8%聚丙烯酰胺凝胶上,电压6V/cm,电泳4h,EB染色,紫外灯下观察。
(3)结果:扩增产物经2%琼脂糖电泳,紫外灯下呈一条强荧光带,与已知DNa Marker相比较,约位于480bp的位置,与设计相符。
扩增产物经MspⅠ酶切后,在8%PAGE上,可见到三种类型:①原始带消失,出现两条新带,长度为395bp和85bp,为含酶切位点的M+M+纯合子;②酶切后除与扩增产物相同位置的原始带外,还有两条长度为395bp和85bp的带,共三条带,为M+M-杂合子;③酶切后仅有一条带,与扩增产物位置相同,为无酶切位点的M-M-纯合子。
以上三种基因型,以含酶切位点的纯合型(M+M+)最多见,120例中有114例,不含酶切位点的M-M-型最少见,仅有1例,杂合型(M+M-)有5例,根据基因频率计算方法,等位基因M+频率为0.97,少见等位基因M-频率为0.03。
若对冠心病患者同时进行检测,计算基因频率,可见到:少见等位基因M-在冠心病组比健康对照组高,有显著性差异,但无论在冠心病组还是健康对照组,各基因型个体间的血脂、脂蛋白、载脂蛋白水平均无显著性差异,这说明Apob MspⅠ多态性与冠心病有关,但与血中脂类水平的关系不明显,这可能是由于环境因素,激素及其他遗传因素对脂质水平的影响较明显,掩盖了Apob MspⅠRFLP对脂质的影响,也可能是这种多态性与ApoB基因上其他位点的多态性有连锁关系。另外,由于少见等位基因M-的频率很低,有必要加大样本例数,进行进一步的研究。