Assmann分析近2万人发现500人中有1例结构基因杂合子出现，比野生型ApoAⅠ多一个或少一个正电荷或负电荷，大多数变异体无明显血脂的变化，仅有ApoAⅠMarburg病在107位上的Lys缺失，引起轻度的TG升高。ApoAⅠ的Milano变异体（173Arg→Cys）血浆中HDL有所降低，然而冠心病发病率未见增加，ApoAⅠ和ApoCⅢ基因重排导致的变异是可引起家族性ApoAⅠ和ApoCⅢ缺乏症，Karathansis首先用EcoRⅠ限制性内切酶分析ApoAⅠ基因，发现家族性早发冠心病患者都出现6.5kb片段纯合子，正常人为13kb纯合子，其杂合子为13kb/6.5kb，推测纯合子6.5kb与动脉粥样硬化发病有关。

ApoAⅠ与ApoCⅢ缺陷者表现为血HDL水平降低，易出现早期动脉粥样硬化。有报道ApoAⅠ减少，会导致LCAT活性降低，使ApoAⅠ、ApoAⅢ的脂蛋白如CM置换发生障碍，从而在体内蓄积。

单一氨基酸变异的ApoAⅠ变异体如表10-4所示。

表10-4 单氨基酸置换的ApoAⅠ变异体

变异 名&称 机能及临床特征
3：Pro→His Munster 3C 从前ApoAⅠ到成熟ApoAⅠ转变障碍
3：Pro→Arg
4：Pro→Arg Munster 3B
10：Arg→Leu Baltinore
13：Arg→Tyr Yame
26：Gly→Arg Lowa 家族性淀粉样
37：Ala→Thr
89：Asp→Glu
100：Tyr→His Karatsu
103：Asp→Glu Munster 3A
107：Lys→0 Marbarg(Munster 2A) LCAT活性降低
107：Lys→Met
108：Trp→Arg Tsushima
110：Glu→Lys Norway
118：Lys→Met Hita
136：Glu→Lys Norway
143：Pro→Arg Giessen
147：Glu→Val
158：Ala→Glu Munster 2B
165：Pro→Arg 低HDL血症
169：Glu→Gln
173：Arg→Cys Milano 低HDL血症，LCAT活性降低
177：Arg→Hig
198：Glu→Lys Munster4
213：Asp→Gly Munster 3D