白屈菜根含有地上部分左旋金罂粟碱α-甲羟化物及左旋金罂粟碱β-甲羟化物以外的所有生物碱（参见“白屈菜”）。另外，还含有木兰花碱（magroflorine），二氢血根碱（dihydrosanguinarine），二氢白屈菜红碱（dihydrochelerythrine），二氢白屈菜玉红碱（dihydrochelirubine），二氢白屈菜黄碱（dihydrochelilutine），N-去甲基-9，10-二氢氧化血根碱（N-demethyl-9,10-dihydrooxysanguinarine），白屈菜黄碱（chelilutine），白屈菜定（chelamidine），白屈菜胺（chelamine），内消旋白屈菜默碱（meso-chelidimerine）等生物碱；还含有α-菠菜甾醇（α-spinosterol），麦角甾醇（ergosterol），皂甙。