黄花菜全植物含麦角甾-5-烯-3-O-α-L-鼠李吡喃糖甙（ergost-5-ene-3-O-a-Lrhamnopyranoside），5，4-二-O-甲基圣草酚-7-O-β-D-葡萄吡喃糖甙（5，4’－di-O-methyleriodictyol-7-O-βD-D-glucopyranoside），3’，4’-二羟基-5-甲氧基黄烷酮-7-O-a-L-鼠李吡喃糖甙（3’，4’－dihydroxy-5-methoxyflavanone-7-O-a-L-rhamnopyranoside），（lR※，3E，7Z，12R※）－20-羟基烟草习-3,7，15-三烯-19-酸[(1R※，3E，7Z，2R※）-20-hydroxycembra-3,7,15-trien-19-oic acid]，（3E，7Z，11Z）-17，20-二羟基烟草-3，7，11，15-四烯-19-酸[（3E，7Z，11Z）-17，20-dihydroxycembra-3，7，11，15-tetraen-19-oic acid]，柚皮素-4’-O-β-D-吡喃木糖-（l→4）-β-D葡萄吡喃糖甙[naringeni-4’-O-β-D-xylopyranosyl-（1→4）-β-D-glucopyranoside]，圣草酚-5-鼠李吡喃甙（eriodictyol-5-rhamnopyranoside），黄花菜醛酸（cleomaldic acid）。根含β-香树脂醇（amyrin），羽扇豆酸（lupeol），3’，4’，5-三羟基黄烷酮-7-O-a-L鼠李吡喃糖甙（3’，4’，5－trihydroxyflavanone-7-O-a-L-rhamnopyranoside），柚皮素-4’-半乳糖甙（naringenin-4’galactoside），二氢山奈酚-4’-个木糖甙（dihydrokaempferol-4’-xylo-side），二氢山奈素-3-葡萄糖醛酸甙（dihydrokaempferide-3-glu-curonide），二十二酸（docosanoic acid），山奈素-3-葡萄糖醛酸甙（kaempferide-3-hlucuronide）。

叶、叶翅含黄花菜内酯（cleomeoide）。

另外，黄花菜尚含有氨基酸，地上部分含有：航氨酸（cystine）19.60％，赖氨酸（lysine）18.14％，组氨酸（histdine）9.29％，丝氨酸（serine）2.10％，谷氨酸（glutamic acid）2.45%，脯氨酸（proine）3.46％，蛋氨酸（methionine）8.14％；根含有：胱氨酸24.12％，赖氨酸17.40％，组氨酸9.04％，丝氨酸8.71％，脯氨酸3.18％，蛋氨酸7.53％；种子含有：胱氨酸12.85％，组氨酸1.70％，丝氨酸14.91％，蛋氨酸22.08 ％，甘氨酸（hlycine）5.48％，苏氨酸（threonine）2.64％，酪氨酸（tyro-sine）4.91％。糖的含量，地上部分：蔗糖（sucrose）19.97％，葡萄糖（glu-cose）19-75％，果糖（fructose）52.05％；根：蔗糖67.46％，葡萄糖-4.76％，果糖27.77％。